RuntimeWarningのエラー

Question

RuntimeWarning: invalid value とエラーが出ました。

from matplotlib import pyplot as plt
from sklearn.datasets import load_iris
import numpy as np
import warnings

data = load_iris()

features = data['data']
feature_names = data['feature_names']
target = data['target']
target_names = data['target_names']
labels = target_names[target]

plength =features[:,2]
is_setosa = (labels=='setosa')

features = features[~is_setosa]
labels = labels[~is_setosa]
virginica =(labels=='virginica')

max_setosa =plength[is_setosa].max()
min_non_setosa = plength[~is_setosa].min()
print('Maximum of setosa: {0}.'.format(max_setosa))
print('Minimum of others:{0}.'.format(min_non_setosa))

best_acc = -1.0
best_fi =-1.0
best_t = -1.0

for fi in range(features.shape[1]):
    thresh = features[:,fi].copy()
    thresh.sort()

    for t in thresh:
        pred =(features[:,fi]>t)
        acc = (labels[pred]=='virginica').mean()
        if acc>best_acc:
            best_acc = acc
            best_fi = fi
            best_t = t

        #with warnings.catch_warnings():
            #warnings.simplefilter("ignore", category=RuntimeWarning)
            #foo = np.nanmean(features, axis=1)

def appy_model(example):
    if example[best_fi] > best_t:print('verginica')
    else: print('versicolor')

と書いたコードを実行すると

iris1.py:36: RuntimeWarning: Mean of empty slice.

  acc = (labels[pred]=='virginica').mean()

/Users/XXX/anaconda/envs/py36/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/_methods.py:80: RuntimeWarning: invalid value

とエラーが出ました。

#with warnings.catch_warnings():
            #warnings.simplefilter("ignore", category=RuntimeWarning)
            #foo = np.nanmean(features, axis=1)

とコメントをつけてあるところをはずしても
同様のエラーが出ました。
RuntimeWarning が出ることが問題かと思って、
それを除去するwith文を書いてもエラーが出たままで
どのように直せばよいのでしょうか？

Answer 1

`import numpy as np
np.seterr(divide='ignore', invalid='ignore')

これを上に追加してみてください。