どのようなシステムやアプリをmonacaで開発するのか次第になってしまいますが、monacaを使う一番のメリットは、スマホアプリが、普通のHTML+JS+CSSで開発でき、さらにスマホへのデプロイが、スマホ側にインストールする「monacaアプリ」で簡単にできるところです(リロードすらも不要)
ですので、開発対象のクライアント機能が、生のHTML+JS+CSSでも困らないレベルなのであれば、ライブラリもフレームワークも、別に使わなくても構わない、というのが回答でしょうか
もっと言ってしまうと、通常のWebサーバ上で動くページを、そのままmonacaでスマホ上に表示することもできるため、monaca側は、そのWebページへのリンクのみ書いておけば、monaca上で開発しなくても良い、という裏技もあります(一部JSが動作しない等の制約はありますが)
一応、参考までにですが、スマホっぽいUIを作りたいなら、OnsenUIがオススメです
p.s.蛇足かも知れませんが、monacaはあくまでクライアントアプリを開発するための開発環境ですので、サーバ側のAPI開発は、適宜、monacaと関係無い世界で開発していただき、monaca上のJSからAPI呼出をする等を行ってください
JavaのREST API開発であれば、RESTXやJerseyあたりでしょうか
特にJavaにこだわらないのであれば、Elixir+Phoenixが性能的にオススメです
下記等をご参考ください
https://www.slideshare.net/piacere_ex/elixir3phoenixweb-rest-api-75571536
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