OneDriveとSourceTreeを利用したバージョン管理について

###わたしの作業環境について
wordpressのテーマを作成していて、最近勉強のためにもBitBucketを利用してGitを初めて見ることにしました。
わたし１人で作成しているのですが作業環境がデスクトップとノートPCを使っており、２台のPCのファイル同期にはマイクロソフトが提供しているDropBoxと同じような機能を持っているOneDriveというサービスを利用しています。
また、GitのクライアントはSourceTreeを使っています。

###問題点
デスクトップからGitに登録し、ノートPCからは同期されたフォルダをローカルリポジトリとして追加した場合にすべてのファイルが変更されたと認識されコミット対象となっています。

データ自体はOneDriveで同期されているので変更した箇所などはありません。

すべてのファイルがコミット対象とされるため変更されたファイルを探してコミットするのではGitを使う意味がないと思うのですが、やはりファイル同期はしないほうがよいのでしょうか・・・。

何かよい解決方法があればご教授いただければ幸いです。

ちなみに【ソフトウェアのメモ】さんの
「Bitbucket + SourceTree + Dropbox で論文管理 in Windows7」

で同じことをやってみましたがうまく行きませんでした。