ご質問から推察しますに
1.style.cssはテーマフォルダ内に存在している
2.「レイアウト崩れ」なる現象が起きているページと「レイアウト崩れ」が起きていないページが存在する
である、と考えました。
実際にはデータファイルを見てみないと分からない部分がありますが「オリジナルテーマ」であるというところがキモで、勘のレベルですが、ウェブサイト立ち上げ時に何処かの業者さんにウェブサイトの構築およびデザインをアウトソーシングされているのではないか(内製していたとしてもそのノウハウがマニュアルレベルで引き継がれていないのではないか)と思います。
オリジナルのテーマの場合、その仕様というのは前述しましたように「見ないと」解答しにくいものがあると思います。
守秘義務の観点から申し上げるならteratailでご質問されるのではなく社内で稟議に掛けた上でプロにメンテナンスを依頼し、見て貰うのがベストエフォートでありますが、直感のレベルで疑う事が出来る場所として「レイアウトの崩れているページ」の属性がどのようになっているか、という点です。
「レイアウトの崩れていないページ」および「レイアウトの崩れているページ」の編集画面でキャプチャのような『固定ページの属性』のような表示がございませんでしょうか。無い場合は「表示オプション」から表示させることも可能かもしれません。
(場合によっては表示オプション内にも無い場合もありますが、その場合は「ちょっと厄介」です)
「レイアウトの崩れていないページ」の『固定ページの属性-テンプレート』が何を指し示しているのかをメモに書き「レイアウトの崩れているページ」の『固定ページの属性-固定ページの属性』と比較してみてください。
但し「レイアウトが崩れ」ているのがカスタム投稿タイプや投稿ページの場合は属性が表示されていなかったり、場合によっては独自のレイアウトが意図的に指定されている場合もありますので作業前に「必ず」現況のレイアウトが何であるのかをメモしながら慎重に作業なさってください。
テーマによっては意図的に複数のテンプレートが用意されていることもありますし「デフォルトテンプレート」では表示が崩れる事案も可能性としてはありえます。
とはいえ。
前述致しましたようにこれはあくまでも一般論であり、厳密にはウェブサイト内を管理者権限で見ないと確実な事を申し上げる事は出来かねます。
指し示しているテンプレートが同一である場合、カスタマイザーや、CSSを制御するプラグインのようなものが存在している可能性もありえます。
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