warファイルからﾛｰｶﾙ環境構築

先日の状態と重複する箇所あるのですが再質問です。
お願いいたします。

目的：Eclipseでビルドして作ったwarファイルを再度Eclipseに展開してデバッグをすること

事情があり、元のアパッチクラウドで動いているアプリがjavaなのかvbなのかわからない状態です。mailなどでjavamailが使われていたのですが、warを展開すると拡張子にjavaがひとつもなく、.classやxml,
propertieなどでした。WEB-CONTENTSの中にWEB-INFやMETA-INF、tiles、viewなどが配置されており、tilesにはタグリブの設定、viewにはjspがたくさん入っておりました。

warをEclipseにインポートしてから、展開されたプロジェクトをtomcatサーバーと連携させてjdbc.propertiesにも接続可能なDB情報を記載してデバッグしました。
デバッグ内容：ログイン画面にIDPWを入力して（存在するもの）エンター
結果：ステータス500 致命的エラー Server.server()と一行でるだけ

デバッグモードでもおなじ症状です。普通、java開発でログイン画面のデバッグをする際、データベースにIDがあるかSELECTして探すクラスなどにポイントをしてから実行しますが、そのクラスも定かではない状態です。

それにログが一行しかでておらず、トムキャットの設定エラーのような気もしています。

行ったことを整理しますと以下になります。

①ウェブサーバーアパッチ（tomucat springが使われている）のwebapps直下にwarファイルを置いて自動展開されていましたが、その元のwarファイルをeclipseでインポートしました。

②その次にEclipse上で展開されたプロジェクトにpleiades付属のtomcat8を連携させました。

③そしてﾛｰｶﾙにできたtomcat8のweb.xmlとservlet.xmlについて、元のウェブサーバーにあったweb.xmlとservlet.xmlを上書きしました。

④ログインページのjspのところで右クリックで実行を選択するとログイン画面が出てきて、存在するはずのIDPW入力するも500エラーが返され、ログファイルには一行だけ「致命的webサーブレットエラーServer.server()」となるのみでした。

④jdbc.propertiesの値も間違ってはいなく、ただ一つ気になるのは前の助言して頂いたjdbcデバイス設定です。これはjdbcの関連するjarということであれば、展開したプロジェクト側にあるlibフォルダ配下にたくさんのjarを用意している状態です。

ウェブサーバーからﾛｰｶﾙ環境構築にいたるまでの行うこととして何か不足間違えはどこにありますか？

取り込み後のEclipseの中は以下のような構成になっています。

Server>
～
～
～
web.xml
HogeProject
src
(packageなど springなど)
(classファイルなど)
jdbc.prpperties
WebContents
META-INF
tiles←taglib設定
view←jspがたくさん
WEB-INF
classes
lib
web.xml

このような構成です。しかしjava拡張子がひとつもありません。
デバッグポイントをどこに置いたらよいかさえわかりません。
このようなjavaの作りはあるのでしょうか。実際このインポートする前のwarファイルはウェブサーバーのwebapps直下にてデプロイしてしっかり利用できています。そのウェブサーバーにはwebappsの他にソースコードや設定を忍ばせているという理由から、warファイルだけをeclipseに展開してもできないということなのでしょうか。
よろしくお願いいたします。

よろしくお願いいたします。