pyenvでpythonのバージョンが変更されない

###前提・実現したいこと
pyenvでpythonのバージョンを3.xにしたいです。
以前はターミナルでpython3.xになっていた気がするのですが、
再起動かライブラリのインストールが原因で2.xに戻ってしまいました。

###発生している問題・エラーメッセージ

現在以下の環境をインストールしており、anaconda3-4.0.0を選択しています。

hogeMacBook-Pro:~ hoge$ pyenv versions
  system
* anaconda3-4.0.0 (set by /Users/hoge/.pyenv/version)
  anaconda3-4.3.1
  miniconda3-4.1.11

anaconda 4.0.0はpython3.xのはずですが,pythonのバージョンを確認すると下記のようにpython2.7と表示されます。

hogeMacBook-Pro:.atom hoge$ python -V
Python 2.7.10

pyenvで環境を他のanacondaにしても同様にpython2.7しか使用できません。

###試したこと
atom-runnerでpythonを実行する際は、
下記のパスで「anaconda3-4.0.0」のpython3.xが使用できております。

  runner:
    scopes:
      python: "/Users/hoge/.pyenv/versions/anaconda3-4.0.0/bin/python"

pyenv versionsの結果を見ると、
何かの原因で「anaconda3-4.0.0」のターミナルでの実行パスが
「/Users/hoge/.pyenv/version」になっておりパスが正しくないため、
システムのpython2.xが実行されているようです。
「anaconda3-4.0.0」のターミナルでの実行パスを「/Users/hoge/.pyenv/versions/anaconda3-4.0.0/bin/python」にする
もしくはpython実行時のパスを「/Users/hoge/.pyenv/versions/anaconda3-4.0.0/bin/python」にするにはどうすれば良いでしょうか。
ちなみにホームディレクトリに「.bash_profile」は存在しておりません。