既存のmysqlデーターベースを削除してしまいました。

Question

vagrantの仮想環境でdatabaseを作成したり消したりする練習中、練習用で作ったものと勘違いして既存であったmysqlデーターベースをdropで消してしまいました。
練習用に新たに作成したデータベースの作業ユーザーを作ろうとした時に、

mysql> grant all on dotinstall_todo_app.* to dbuser@localhost identified by '$6Ydnt7p';
ERROR 1146 (42S02): Table 'mysql.user' doesn't exist

と言うエラーが出て検索して初めて、mysqlデーターベースは既存で入っていて消してはいけなかったと知り、検索して得たmysql_install_dbコマンドをやってみましたが、これもエラーが出てしまいます。まだ学習して間もないため、エラー内容がよく理解できず、解決できません。

[vagrant@localhost ~]$ mysql_install_db
WARNING: Could not write to config file /usr/my.cnf: 許可がありません

Installing MySQL system tables...2017-03-16 21:12:46 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2017-03-16 21:12:46 0 [Note] Ignoring --secure-file-priv value as server is running with --bootstrap.
2017-03-16 21:12:46 0 [Note] /usr/sbin/mysqld (mysqld 5.6.35) starting as process 21806 ...
2017-03-16 21:12:46 21806 [Warning] Can't create test file /var/lib/mysql/localhost.lower-test
2017-03-16 21:12:46 21806 [Warning] Can't create test file /var/lib/mysql/localhost.lower-test
2017-03-16 21:12:46 21806 [Warning] Buffered warning: Changed limits: max_open_files: 1024 (requested 5000)

2017-03-16 21:12:46 21806 [Warning] Buffered warning: Changed limits: table_open_cache: 431 (requested 2000)

2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages
2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] InnoDB: Memory barrier is not used
2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2017-03-16 21:12:46 21806 [ERROR] InnoDB: ./ibdata1 can't be opened in read-write mode
2017-03-16 21:12:46 21806 [ERROR] InnoDB: The system tablespace must be writable!
2017-03-16 21:12:46 21806 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
2017-03-16 21:12:46 21806 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
2017-03-16 21:12:46 21806 [ERROR] Unknown/unsupported storage engine: InnoDB
2017-03-16 21:12:46 21806 [ERROR] Aborting

2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] Binlog end
2017-03-16 21:12:46 21806 [Note] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete

長々をしたエラー文を掲載して申し訳ありません。
mysql_install_dbでうまくいってる方が多い中、なぜうまくいかないのかわかりません。
お力をお貸し下さい。
どうぞ、宜しくお願い致します！！！

Answer 1

おそらく、vagrant ユーザーで mysql_install_db コマンドを実行していることが原因です。

[vagrant@localhost ~]$ mysql_install_db

https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/mysql-install-db.html

MySQL サーバー mysqld があとで起動されるとき、データディレクトリにアクセスしなければならないため、mysqld の起動に使用するのと同じシステムアカウントから mysql_install_db を起動するか、または root として実行し、--user オプションを指定して mysqld を実行するユーザー名を指示します。

以下の通りに、コマンドを実行してみてください。

sudo su -
mysql_install_db --user=mysql --keep-my-cnf

2行目の--user=mysql部分には、mysqldを実行するユーザー名を指定します。
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/mysql-install-db.html#option_mysql_install_db_user

--user=user_name

mysqld を実行する際に使用するシステム (ログイン) ユーザー名。

一般的な方法で MySQL をインストール・設定している限り、mysqlユーザーを指定すれば問題ないはずです。

また、既存の my.cnf ファイルを mysql_install_dbコマンドに読み込ませるために、--keep-my-cnfオプションを追加しています。
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/mysql-install-db.html#option_mysql_install_db_keep-my-cnf

--keep-my-cnf

mysql_install_db に対し、既存の my.cnf ファイルがあれば、新しいデフォルトの my.cnf ファイルを作成せずに既存のものを維持するように指示します。

---

ただし、mysql_install_dbコマンドを実行しただけで

既存であったmysqlデーターベースをdropで消してしま

った、という事態が解決できるか否かは、私には判断できません。

少なくとも、
「MySQL のログインユーザーを再作成する」
などの作業は必要になるはずです。

MySQL をインストール・設定する際に参考にした書籍やWEBページなどがあれば、
その内容と mysql_install_dbコマンド実行後の MySQLサーバの状態とを見比べて、
必要な作業を割り出してください。

---

で　mba:~ root#　となり、そのまま教えていただいた残りのcommandを入力してみましたが、command not foundとなってしまいます。

rootユーザーに対して、mysql_install_dbコマンドのパスが通されていないようです。

sudo su -する前に、以下のコマンドを実行してください。

whereis mysql_install_db

これで、mysql_install_dbコマンドのフルパスが分かります。

で、先の回答のコマンドを以下のように変更して、再度、実行してみてください。

sudo su -
(whereisコマンドで表示された mysql_install_dbコマンドのフルパス) --user=mysql --keep-my-cnf

例えば、whereisコマンドの実行結果が以下だった場合、

mysql_install_db: /usr/local/mysql/bin/mysql_install_db

実行すべきコマンドは以下のようになります。

sudo su -
/usr/local/mysql/bin/mysql_install_db --user=mysql --keep-my-cnf

Comments

[yuriko]

返信どうもありがとうございます。
教えていただいたコマンドを実行してみました。
sudo su-　
で　mba:~ root#　となり、そのまま教えていただいた残りのcommandを入力してみましたが、command not foundとなってしまいます。
command not foundと表示されてしまいました。
どうしたら宜しいでしょうか？

[KiyoshiMotoki]

レスありがとうございます。

回答欄に追記しました。
確認してみてください。

[yuriko]

長々とどうもありがとうございました！未知な為、上手く説明できていない私にお付き合いいただきまして感謝しております！