AtomのRemote-FTPプラグインで削除や名前変更もサーバーに反映されるようにするには

Question

最近、Sublime TextからAtomに乗り換えてみて、いろいろとプラグインを入れていました。

その中で、サーバーにファイル転送をするための「Remote-FTP」というプラグインを使ってみたのですが、ファイルの作成やコードの書き換えなどはしっかりとサーバーに
反映されるのですが、いかんせん、ファイルやフォルダの削除、名前変更が反映されずに困っています。

特に名前変更に至っては、例えばhoge.htmlというファイルをfoo.htmlに変更すると、サーバー上にはhoge.htmlはそのまま残り、新しくfoo.htmlが作成されてしまいます。

調べてみてはいるのですが、Remote-FTPの基本的な設定の仕方についての記事ばかりで、削除や名前変更についての記事がなかなか見つかりません。

もし、詳しい方がいらっしゃれば教えていただけると嬉しいです。
よろしくお願いします。