Elastic Beanstalkで急にデプロイに失敗するようになった

Elastic Beanstalk（以下EBT）でデプロイ作業をしていたのですが、突然以下のようなエラーがでてデプロイに失敗するようになりました。

・ Application update failed at 2017-02-01T08:16:24Z with exit status 1 and error: command 01_set_dir_permissions in .ebextensions/deploy.config failed.

・ Incorrect application version "app-95ec-170201_171515" (deployment 68). Expected version "app-170131_172109" (deployment 59).

・ Instance ELB health state has been "OutOfService" for 1 day: Instance has failed at least the UnhealthyThreshold number of health checks consecutively.

・ Following services are not running: proxy.

一番上のdeploy.configというエラーは、該当するファイルを削除することでエラーが消えたのですが、原因がよくわかっていません。（デプロイに失敗するようになるまでそのファイルを変更しておらず、ファイル内容が間違っているわけではなさそうです・・）

deploy.configは以下の通りです。

commands:
  01_set_dir_permissions:
    command: "sudo chmod -R 777 /var/www/html/storage"
  02_set_dir_permissions:
    command: "sudo chmod -R 666 /var/www/html/storage/*"
  03_set_dir_permissions:
    command: "sudo chmod -R 777 /var/www/html/bootstrap/cache"

二番目以降のエラーに関しては、原因がよくわかっておりません。

どなたか解決策をご存知の方がいましたら教えてください！