他の方の回答を見ましたが、

PHPを実際に書くときになるとその3つをどのように書けばいいのか

に回答している方がいらっしゃらないようなので、参戦。

トランザクションおよび自動コミットによると、PDOはデフォルトで自動コミットモードで動作します。自動コミットとはどういうものかというと、SQLを実行する前に自動的にトランザクション開始し、実行後、自動的にトランザクションをコミットします。

自動コミットでは、常に自動的にコミットしてしまうので、複数のSQLを１個のトランザクションで処理することはできません。これでは、複数の処理をアトミックに処理（成功するか否かで中途半端に成功することがない）することができません。
たとえば、銀行振り込みを例にして、「AさんがBさんの口座に１００円振り込んだ」という処理をSQLにすると、「Aさんの口座の残額から１００円引く」というSQLと「Bさんの口座の残額に１００円足す」という２つのSQLを実行することになります。この２つのSQLは何があっても（途中でシステム障害が発生しても）、片方だけ成功するということがあってはならないので、１個のトランザクションにまとめる必要があります。

この場合、PDOでは、PDO::beginTransaction() を最初のSQLの前に実行することで、自動コミットを避ける必要があります。たとえば、

1. PDO::beginTransaction() 
2. Aさんの口座の残額から１００円引く
3. Bさんの口座の残額に１００円足す
4. PDO::commit() 

というプログラムを書くと、自動コミットは行われず、１個のトランザクションで実行されます。途中でエラーが発生した場合は PDO::rollBack() を呼んでトランザクション全体をキャンセルします。

トランザクションが出来ていない場合の不具合例を解説した記事を以前書きましたので紹介します。

嵐のコンサートがあるとダブルブッキングしてしまうホテル予約システムを作ってみた

以前に同様の質問がありました。
参考になるかもしれません。

SQLのコミットの意味

参考書を紹介しておきます。

• 中山清喬・飯田理恵子『スッキリわかるSQL入門』インプレス, 2013.

 トランザクション

トランザクションと呼ばれる不可分な操作から構成される情報処理の形態。
既知の一貫した状態のデータベースを維持するよう設計されており、相互依存のある複数の操作が全て完了するか、全てキャンセルされることを保証する。

 コミット

データベースにおいてトランザクションによる内容更新を恒久的なものとして確定することを指す。
一般にトランザクションの終了時にその更新を確定するという意味で「コミットする」などと使用する

 ロールバック

トランザクション処理システムはデータベースの整合性を保証するため、データベース更新の中間状態を記録し、トランザクションがコミットできなかった場合にデータベースを既知の状態にリストアするためにそのような記録を活用する。例えば、トランザクションによる更新前のデータベースの情報のコピーを事前に取って置く（これをbefore imageと呼ぶ）。トランザクションがコミット前に失敗した場合、そのコピーを使ってデータベースをトランザクション開始前の状態に戻す。これを「ロールバック」と呼ぶ。

by Wikipedia
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B6%E3%82%AF%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E5%87%A6%E7%90%86
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B3%E3%83%9F%E3%83%83%E3%83%88

どの変が難しいですか？

トランザクションは処理の名前です。
始まりを宣言して、なんやかんや更新処理を覚えてくれています。(メモリに保存程度、他人には見えません)
確定(コミット)すると更新内容がDBに書き込まれます。（他人に見えます）
取り消し（ロールバック）は、確定する前に反映せずに終了！っと言う感じですね。

超勝手な説明ですが、そんな感じ... かなｗ（有識者の皆様ツッコミよろしくお願いします）