while文にiconvの結果を流し込むと処理が必ず飛び飛びになる

#!/bin/bash
# @param input_file input file name
# @param prefix C-Preprocesser-Macro-Function name
# @param need_double_quote_index...
function convert_csv(){
  # argument
  readonly input_file=$1
  readonly prefix=$2
  shift 2
  local need_double_quote_index=($@)

  readonly need_double_quote_index_len=${#need_double_quote_index[@]}
  #write BOM
  echo -en '\xef\xbb\xbf'
  local line_string
  local is_first_line=1
  while read -r line_string; do
    if (( 1==is_first_line )); then
      is_first_line=0
      echo "//PREFIX,${line_string:0:-1},POSTFIX"
    else
        IFS_BACKUP=$IFS
        IFS=','
        elements=($line_string)
        IFS=$IFS_BACKUP
        local re="${prefix}(,"
        local i=0
        local j=0
        local e
        local tmp
        # debug print
        echo "${line_string}" >&2
        for e in "${elements[@]}"; do
          if (( i < need_double_quote_index_len && j == need_double_quote_index[i] )); then
            # ダブルクオートで囲う必要がある時
            re="${re}\"${e}\","
            (( i++ ))
          else
            read -p "Press [Enter] key to start backup..."
            tmp=$(echo "${e}" | sed -e 's/\//./')
            re="${re}${tmp},"
          fi
          (( j++ ))
        done
        echo "${re:0:-1},)"
    fi
  done < <(iconv -f cp932 -t UTF-8 "${input_file}")
}
echo "converting csv..."
# convert_csv './ships.csv' 'SHIP' 1 > 'KCS_CUI/source/ships_test.csv'
convert_csv './slotitems.csv' 'WEAPON' 1 2 > 'KCS_CUI/source/slotitems_test.csv'
echo "done."

こういうコードを書いたのですが
https://github.com/YSRKEN/KanColleSimulator_KAI/blob/2fae104567b8c26029fbf46c49a178f05dd445c1/csv_convert.sh

実行結果が必ず

$./csv_convert.sh
converting csv...
1,12cm単装砲,主砲,0,1,0,0,1,0,0,0,0,1
13,61cm三連装魚雷,魚雷,0,0,5,0,0,0,0,0,0,1
25,零式水上偵察機,水上偵察機,0,0,0,1,1,2,1,0,5,0
37,7.7mm機銃,対空機銃,0,0,0,0,2,0,0,1,0,0
49,25mm単装機銃,対空機銃,0,0,0,0,4,0,0,1,0,0
61,二式艦上偵察機,艦上偵察機,0,0,0,0,1,0,3,0,7,0
73,増設バルジ(大型艦),追加装甲(大型),9,0,0,0,0,0,0,-3,0,0
85,3.7cm FlaK M42,対空機銃,0,1,0,0,8,0,1,0,0,0
97,九九式艦爆(熟練),艦上爆撃機,0,0,0,7,1,4,2,0,2,0
109,零戦52型丙(六〇一空),艦上戦闘機,0,0,0,0,9,0,1,1,0,0
121,94式高射装置,高射装置,0,0,0,0,3,0,0,1,0,0
133,381mm/50 三連装砲,主砲,0,20,0,0,2,0,-3,-1,0,4
145,戦闘糧食,戦闘糧食,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
157,零式艦戦53型(岩本隊),艦上戦闘機,0,0,0,0,12,0,2,4,3,0
169,一式陸攻,陸上攻撃機,0,0,10,12,2,2,0,0,3,0
181,零式艦戦32型,艦上戦闘機,0,0,0,0,5,0,0,2,0,0
501,5inch単装砲,主砲,0,1,0,0,0,0,0,0,0,1
513,21inch魚雷前期型,魚雷,0,0,2,0,0,0,0,0,0,1
525,深海棲艦偵察機,水上偵察機,0,0,0,1,1,1,0,0,5,0
537,12.7mm機銃,対空機銃,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0
549,深海復讐艦攻,艦上攻撃機,0,0,13,0,4,5,2,0,5,0
561,深海解放陸爆,艦上爆撃機,0,0,0,11,3,5,1,0,3,0
done.

のようにとびとびになります。csv自体は

装備ID,装備名,種別,装甲,火力,雷撃,爆装,対空,対潜,命中,回避,索敵,射程
1,12cm単装砲,主砲,0,1,0,0,1,0,0,0,0,1
2,12.7cm連装砲,主砲,0,2,0,0,2,0,0,0,0,1
3,10cm連装高角砲,主砲,0,2,0,0,7,0,0,0,0,1
.
.
.
190,38.1cm Mk.I連装砲,主砲,0,18,0,0,1,0,1,0,0,3
191,QF 2ポンド8連装ポンポン砲,対空機銃,0,1,0,0,10,0,0,0,0,0
192,38.1cm Mk.I/N連装砲改,主砲,0,19,0,0,3,0,2,0,0,3
501,5inch単装砲,主砲,0,1,0,0,0,0,0,0,0,1
502,5inch連装砲,主砲,0,2,0,0,0,0,0,0,0,1
503,3inch単装高角砲,主砲,0,1,0,0,1,0,0,0,0,1
.
.
.
568,16inch三連装砲,主砲,0,24,0,0,3,0,4,0,0,3
569,深海偵察飛行艇,水上偵察機,0,3,0,0,1,2,8,0,9,0
570,高速深海魚雷 mod.2,魚雷,0,0,13,0,0,0,3,0,0,1

のようになっています。
https://github.com/YSRKEN/KanColleSimulator_KAI/blob/2fae104567b8c26029fbf46c49a178f05dd445c1/slotitems.csv

期待する動作としては、while文でcsv一行ずつ処理をしたいのですが、何が問題なのでしょうか？

また、WindowsのMSYS2で実行するとLinuxで実行したときより遥かに多く時間がかかるので、おそらくWindowsにfork()がないためだとは思うのですが、コード中のどの辺が重くなっている要因でしょうか？