ローカルの表示とレンタルサーバーに転送してアクセスした後の表示が違う

最近自分のWebサイトを人様の作ったテンプレートを書き換えたりすることを卒業しようと思い
心機一転一から自分でデザインから組み込んで作っています。
とりあえず外装やシステムなどは完全に終わっており、
ローカルでの表示もさほど問題がある点はなかったので実際にテスト用サーバーにアップしてみました。
しかし、ローカルではきちんと作動していたところ
(スライダー)がサーバーにアップしてアクセスしてみると作動しないで縦に画像が並んでいるだけになっておりました。(サーバーはFC2です)
しかし、スライダーだけ適用されていないのかな？と思いきやどうやらそのページ全体のJavaScriptの設定が利かなくなっているようです。

ただ反映されていないだけかな？と思いスーパーリロードやキャッシュ削除→もう一度アクセスなど
いろいろと試してみたのですがやはり変わらずローカルの表示と変わってしまいます。

あとは、コードの所にきちんとJavaScriptが指定されているか？なども確認しましたが、間違っている様子はありませんでした。

スライダーはbx-sliderを使用しており、HTMLはこんな感じです。
機能を見て気に入ったものはコピペしてそのまま入れ込んでしまっているので汚くなってしまいましたが…
ちなみにスライダーの外見設定にあたるCSSはz-indexしかありません。

HTML
1<!DOCTYPE html>
2<html lang="ja">
3<head>
4
5    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
6    <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
7    <title>サイト名</title>
8    <link href="StyleSheet.css" rel="stylesheet" type="text/css" charset="utf-8" />
9    <link rel="stylesheet" href="css/jquery.bxslider.min.css">
10    <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script>
11    <script type="text/javascript" src="js/JavaScript.js"></script>
12    <script type="text/javascript" src="js/jquery.bxSlider.min.js"></script>
13
14    <script>
15    $(document).ready(function() {
16    $('body').fadeIn(500);
17    });
18    </script>
19    <script type="text/javascript">
20$(document).ready(function(){
21    $('.slider').bxSlider({
22    auto: true,
23    pause:  5500,
24    speed: 800,
25    mode: 'fade',
26    pager:true,
27    prevText: '<',
28    nextText: '>'
29    });
30  });
31    </script>
32
33</head>
34<body>
35
36    <div id="headerArea">
37
38        <header>
39            <img src="img/logo.png" width="200" class="logo">
40            <section class="sidebar">
41                <div Align="right">
42                    <figure class="relative">
43                        <a href="#"><img src="img/top.png"></a>
44                        <a href="#"><img src="img/info.png"></a>
45                        <a href="#"><img src="img/main.png"></a>
46                        <a href="#"><img src="img/bookmark.png"></a>
47                        <a href="#"><img src="img/blog.png"></a>
48                        <a href="#"><img src="img/?.png"></a>
49                    </figure>
50                </div>
51            </section>
52        </header>
53    </div>
54
55        <div id="contentsArea">
56            <section class="contents">
57                <!--ここからスライダー->
58
59                <ul class="slider">
60                    <li><img src="img/te.png"></li>
61                    <li><img src="img/su.png"></li>
62                    <li><img src="img/to.png"></li>
63                </ul>
64
65                <!--ここまでスライダー-->
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