デプロイするとwheneverがGemfileから抜ける

Question

###前提・実現したいこと
railsでwebサイトを作っていて、その中でcronで定期的に実行する処理を登録しようとしています。
cronへの登録はwheneverを利用しようとしています。

リリースはcapistranoを利用しています。

###発生している問題
Gemfileにwheneverを入れているにも関わらず、デプロイするとGemfileからwheneverが抜けてしまいます。
また、schedule.rbがデプロイされません。

###Gemfileの内容

source 'https://rubygems.org'

gem 'rails', '4.2.0'
gem 'mysql2'

### 中略 ###
gem 'whenever', require: false

###schedule.rbの内容

# 出力先のログファイルの指定
set :output, {:error => 'log/error.log', :standard => 'log/cron.log'}

if @environment.to_sym == :production
  every '* 0 * * *', :roles => [:batch] do
    runner 'Tasks::Hoge.fuga'
    runner 'Tasks::Hoge.piyo'
  end
  every '* 6 * * *', :roles => [:batch] do
    runner 'Tasks::Hoge.fuga'
    runner 'Tasks::Hoge.piyo'
  end
  every '* 12 * * *', :roles => [:batch] do
    runner 'Tasks::Hoge.fuga'
    runner 'Tasks::Hoge.piyo'
    runner 'Tasks::Hoge.poyo'
  end
  every '* 18 * * *', :roles => [:batch] do
    runner 'Tasks::Hoge.fuga'
    runner 'Tasks::Hoge.piyo'
  end
end

if @environment.to_sym == :staging
  every '5 * * * *', :roles => [:batch] do
    runner 'Tasks::Hoge.fuga'
    runner 'Tasks::Hoge.piyo'
    runner 'Tasks::Hoge.poyo'
  end
end

###試したこと
「require: false」を外したりしましたが、変わりありませんでした。
また、デプロイ後に手作業でGemfileにwheneverを追加し、configディレクトリにschedule.rbを入れると、「bundle exec whenever --update-cron」でcrontabへの登録が出きるようになりました。

###補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)

• OS：Amazon Linux
• 言語：ruby 2.1.5p273 (2014-11-13 revision 48405) [x86_64-linux]
• FW：Rails 4.2.0
• Capistrano：Version: 3.4.0 (Rake Version: 10.4.2)

Answer 1

コミット漏らしていただけでした……。
しかも設定に細かい問題が色々あり、一見挙動的に正常にデプロイ出来ているように見えたため、3日間丸々気が付きませんでした……。