vagrantにISOを適応させることはできないでしょうか？

現在、以下の団体が発行しているマニュアルに従って、さくらVPSにサーバー環境を構築しております。
http://www.linuxmaster.jp/

普段、プログラムを構築するのは、仮想環境を構築するvagrantを用いて、
Windowsから仮想のCentOSにアクセスして、開発の勉強をしている形を取っております。

そして、サーバー構築がもうすぐ終わりそうなので、公開予定のアプリケーションをレンタルサーバーに格納することも視野に入ってきました。
しかし、不安な点があります。vagrantは一般に公開されているboxを元にして、仮想環境を構築します。box制作者様は大変使いやすいようにと配慮されているのが触ってみて感じます。一方、マニュアルの方は、ISOからインストールし、インストール設定画面で、インストールするものを選択してからインストールし、ログインしてからすぐにリストにある既に動いているサービスを停止させるところから始まります。そのため、本番環境と開発環境では、操作面や仕様等で誤差がある状態です。
例えば、本番環境で使用したUNIXコマンドが開発環境では使えなかったというものがありました。
本格的にWebサイトを運営しようと考えると、無視できない問題が生じそうです。

そこで、レンタルサーバーに適応させたISOをvagrantに読み込ませて、環境をなるべく本番環境に近い状態で構築しようと考えているのですが、どのようにやればいいのかわかりません。どうすればよろしいでしょうか？
boxを自力で作成しようとも考えたのですが、そのやり方もわかりませんでした。

何卒、よろしくお願いします。