javaのプログラムからコマンドプロントにコマンドを入力できます?
多分、「OS(Windows)の実行可能ファイル(EXE)をJavaプログラムから起動する」という意味だと思うのですが表現が曖昧なので別の意味にも取れます。極端に言えば「起動中のコマンドプロンプトがあって、Javaプログラムからそのコマンドプロンプト上に自動的にコマンドを入力させる」というふうにも解釈できます。
もし「実行可能ファイルをJavaプログラムから起動する」という意味なら「Java 外部プログラム起動」といった検索をするとRuntimeクラスを使うやりかたが書いてあるページが多数みつかります。「Java コマンド入力」ではそういうヒントのあるページがあまり出てきません。
最初はなかなかわからないと思いますが用語・表現をどうすべきかは意識して学ぶにつれ段々とわかってくると思います。