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わかりやすいのはAdobeのDreamweaverですか?
AtomやSumlimeにも同等のプラグインは用意されているような気がします。
そもそもNode.jsとGulpを覚えればエディタ問わず対応できます。
ファイルの更新を検知してブラウザをリロードするようなプラグインも公開されています。
テキストエディタみたいに修正・上書きが簡単にできる
パネル・ペインの切り替えもショートカットで楽々!
プロジェクトフォルダ・ファイルをツールにいちいち登録しなくても使える
AtomやSublimeは左の窓にフォルダを設定すればあたかもプロジェクトみたいに扱うのでそれで妥協してみては?
Ctrl+pでファジーファイル検索が出来ますし、そもそもエディターなので修正や上書きは得意。
ショートカットも充実しているのでパネルやペインの切り替えも楽々です。
HTML5 CSS3 対応
モダンなエディタでHTML5対応していないものなんてあるんでしょうか?
因みに上でオススメしたAtomとSublimeは対応しています。
それともEmmetやZen-coding的な話ですか?
これもAtomやSublime等のモダンなエディタは基本的にプラグインで対応出来ます。
できればポータブルの方がいい
Sublime Text2,3のDropbox, Gitを使った同期の方法
こういうやり方があります。
頭の使い方しだいでポータブルっぽく設定を持ち運べます。