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Pythonについての質問です(pyperについて)

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gopan

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前提・実現したいこと

下記のコードではrpy2によってPythonからRを呼び出しているのですが、自分はpyperによってRを呼び出したいと考えています。
しかし色々調べたのですが、PythonもRについても最近勉強し始めた自分にはどこをどのように変更すれば良いのか分かりませんでした。
そこで、変更点などを具体的に分かる方どうか教えていただけないでしょうか?
ちなみに正常に動作すれば「emd = 160.542762808」と出力されると思います。
どうかよろしくお願いします。

該当のソースコード

#coding:utf-8
import numpy as np
import rpy2.robjects as robjects

# Rのlp.transport()をインポート
robjects.r['library']('lpSolve')
transport = robjects.r['lp.transport']

def euclid_dist(feature1, feature2):
    """ユークリッド距離を計算"""
    if len(feature1) != len(feature2):
        print "ERROR: calc euclid_dist: %d <=> %d" % (len(feature1), len(feature2))
        return -1
    return np.sqrt(np.sum((feature1 - feature2) ** 2))

def emd(dist, w1, w2):
    """Rのtransport()関数を使ってEMDを計算"""
    # transport()の引数を用意
    costs = robjects.r['matrix'](robjects.FloatVector(dist),
                                 nrow=len(w1), ncol=len(w2),
                                 byrow=True)
    row_signs = ["<"] * len(w1)
    row_rhs = robjects.FloatVector(w1)
    col_signs = [">"] * len(w2)
    col_rhs = robjects.FloatVector(w2)

    t = transport(costs, "min", row_signs, row_rhs, col_signs, col_rhs)
    flow = t.rx2('solution')

    dist = dist.reshape(len(w1), len(w2))
    flow = np.array(flow)
    work = np.sum(flow * dist)
    emd = work / np.sum(flow)
    return emd

if __name__ == "__main__":
    f1 = np.array([ [100, 40, 22], [211, 20, 2], [32, 190, 150], [2, 100, 100] ])
    f2 = np.array([ [0, 0, 0], [50, 100, 80], [255, 255, 255] ])

    # 重みは自然数のみ
    w1 = np.array([4, 3, 2, 1])
    w2 = np.array([5, 3, 2])

    n1 = len(f1)
    n2 = len(f2)

    # 距離行列を作成
    dist = np.zeros(n1 * n2)
    for i in range(n1):
        for j in range(n2):
            dist[i * n2 + j] = euclid_dist(f1[i], f2[j])

    # 距離行列と重みからEMDを計算
    print "emd =", emd(dist, w1, w2)

補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)

Windows10
Python2.7
R3.3.2
pyper-1.1.2

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回答 1

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この質問への回答で、あなたの課題を解決するために読むべきと思われるものは説明しましたが、読んだのですか。

何度も同じ趣旨の質問を繰り返しておられますが、即物的にプログラムの変更箇所を聞くのではなく、(過去の回答も参考に) 自分なりに考えてわからなかったことを質問しないと、回答をもらっても役立てられないのではないかと思いますが。

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