まずは 1000 とか 1001 とはなんぞや、からでしょうか。
id 1000
id 1001
で表示できます。
(回答があったので追記)
普通に ls -l /path/to/public とやると、オーナーの欄は(ls に -n オプションを
付けない限り)nginx などと表示されるはずですが、どうやって確認されているんでしょうか。
1001 → 1000 に変わるということは、testuser の持ち物だったものが nginx の持ち物に
変わるということですね。なぜこうなるのかはわかりませんが、一案として、/public 配下
のすべての write 権を落として様子を見るというのはどうでしょう?
bash
1# chown -R testuser /path/to/public
2# chmod -R a-w /path/to/public
これで動かしておくと、オーナーを変更しようとするアクションが起きたタイミングで
何らかのエラーが出たり、想定しない動きに変わるんじゃないかと思います。それから
/storage/logs 配下のログを調べてみると、何かわかるかもしれません。
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