Javaで外部プロセスの出力がうまく取得できません

JavaでもPerlでもデフォルトで出力がバッファリングされているので、双方で出力のバッファリングを無効、フラッシュすると良いようです。

perlの標準出力から読み取るときに待ちが発生することもあるので、読み取って表示するスレッドは別にしました。

public class Popen extends Thread
{
    static InputStream  perlStdout = null;

    public static void main(String[] args)
    {
        try {
            Process process = new ProcessBuilder("C:/bin/perl", "C:/home/hello.pl").start();

            // perlの標準入力を取得
            OutputStream perlStdin  = process.getOutputStream();
            // perlの標準出力を取得
            perlStdout = process.getInputStream();

            // perlの標準出力から読み取って表示するスレッドを作成・開始
            Popen anotherInstance = new Popen();
            Thread perlOutputReadingThread = new Thread(anotherInstance);
            perlOutputReadingThread.start();

            // perlの標準入力へ書き込む
            perlStdin.write("Hello World!\n".getBytes());
            perlStdin.flush();

            perlStdin.write("Bonjour le Monde!\n".getBytes());
            perlStdin.flush();

            perlStdin.write("Buongiorno il Mondo!\n".getBytes());
            perlStdin.flush();

            perlStdin.write("Good bye!\n".getBytes());
            perlStdin.flush();

            // perlの標準入力を切断
            perlStdin.close();
        }
        catch (IOException e)
        {
            e.printStackTrace();
        }
    }

    // perlの標準出力から読み取って表示する
    @Override
    public void run()
    {
        byte[] inputBuf = new byte[512];
        String perlStr;

        try {
            do {
                // 場合によっては待ちが発生することもある
                perlStdout.read(inputBuf);
                perlStr = new String(inputBuf);
                System.out.print(perlStr);
                // 読み取り可能なバイト数が 0 になるまで繰り返す
            } while (perlStdout.available() > 0);
        }
        catch (IOException e)
        {
            System.out.println("IOException on perlOutputReadingThread");
        }
        System.out.println("perlOutputReadingThread exited.");
    }
}

# $| 出力のバッファリング、0以外でバッファリングが無効になる
$| = 1;
while ($print = <STDIN>)
{
#Perlからの出力であることを示すために'perl:'をつけて出力
    print 'perl:' . $print;
}

以下のようにすると実現できます。
バッファのフラッシュを忘れないようにしましょう。

#!/usr/bin/perl
$| = 1;
while($print=<STDIN>){
  print $print;
}

import java.io.BufferedOutputStream;
import java.io.BufferedInputStream;
import java.io.IOException;

public class Popen {
  public static void main(String[] args) {
    byte[] bytes = new byte[1024];
    try {
      Process perl_proc = Runtime.getRuntime().exec("./dump.pl");
      BufferedOutputStream ost = new BufferedOutputStream(perl_proc.getOutputStream());
      BufferedInputStream ist = new BufferedInputStream(perl_proc.getInputStream());
      ost.write("Hello world 1.\n".getBytes());
      ost.flush();
      ist.read(bytes);
      System.out.println(new String(bytes));
      ost.write("Hello world 2.\n".getBytes());
      ost.flush();
      ist.read(bytes);
      System.out.println(new String(bytes));
      ost.write("Hello world 3.\n".getBytes());
      ost.flush();
      ist.read(bytes);
      System.out.println(new String(bytes));
    } catch (IOException e) {
      e.printStackTrace();
    }
  }
}