XMLファイルの例外処理をどのようにしていいのかわかりません．

###はじめに
JavaでXMLファイルを読み書きするプログラムを作っています．
ファイルを読み書きするだけあって，(私にとっては)かなり多くの例外が発生する可能性のあるプログラムとなっています．その中での例外処理についていくつか知りたいことがあり，質問します．

###実現したいこと
発生しうる例外は以下のとおりです．

Java
1/*ファイルを読み込むメソッド*/
2public void readFile() throws ParserConfigurationException, SAXException, IOException {
3  /*-----処理------*/
4}
5
6/*ファイルを書き込むメソッド*/
7public void writeFile() throws ParserConfigurationException, 
8                               TransformerConfigurationException, 
9                               TransformerException{
10    /*------処理------*/
11}

これらの例外はどのように処理するのが適切なのでしょうか．
これらの例外の発生する理由などを自分なりに調べてみたのですが，わかりませんでした．

###発生してる問題
現段階では，以下のように一括で処理をしてしまっています．
例外はなるべく小さい範囲でキャッチすべきである(Exception でキャッチするのはあまり良くない)というのを読んだので，以下のコードを改善したいと思っています．

Java
1 try{
2 /*ファイルの読み書き*/
3 }catch(Exception e){
4            Alert alert = new Alert(AlertType.ERROR);
5            alert.setTitle("重大なエラー");
6            alert.setHeaderText(null);
7            alert.setContentText("ファイルが不正です．\n"+e.getMessage());ｄｆ
8            alert.showAndWait();
9}