CPU使用率100%を解除したい。

EC2インスタンスを再起動することで、解決しました。
ただ、mysqlの重いクエリを投げただけで、サーバーが止まる（CPUを100%使う）というのは、
何時か偶然やってしまいそうで怖いので、引き続き原因を考えたいと思います。

お手数ですが、引き続きご助言いただけると幸いです。

AWS上に構築したサーバーが機能しなくなってしまいました。
AWSのコンソールから対象のインスタンスを見ても、CPUの使用率が100%になっています。

サーバーは、AWSのEC2インスタンスで、
webサーバーとDBサーバーを併用したサーバーを作っています。
それぞれ、下記の構成で作っています。
OS:Ubuntu 14.04.2
webサーバー:nginx
dbサーバー：Mysql

事の発端は、mysqlの重いクエリを投げてしまったことです。
今までの経緯が下記です。

shell
1$ mysql -uユーザー名 -pパスワード DB名
2#ログイン成功
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4#重いクエリを流してしまう。
5$ mysql > select * from テーブル名
6#・・・・タイムアウトをしてMySQLのログインが解除されてしまう。・・・
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8#再度ログインを試みる。
9$ mysql -uユーザー名 -pパスワード DB名
10#前回は出なかったのに、下記のメッセージが出てログインできない。
11using a password on the command line interface can be insecure mysql
12#・・・・その後応答が無くログインできない。・・・
13#・・・・応答が返ってこないためctrl+cで抜けて、mysqlが動いているか下記のコマンドを打つ
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15$ service mysql status
16#・・・・その後応答が無い。ctrl+cで抜けてmysqlを止める・・・
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18$ service mysql stop
19#・・・・その後応答が無い・・・
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21#別のコンソールからsshでログインして、プロセスが動いているか確認する
22$ ps aux
23#プロセスの一部が出力されるが、応答がなくなる。
24#ctrl+Cで抜けられると思ったが抜けられない。
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