pythonのモジュールについてのエラー

Question

pythonで
from sklearn.cluster import KMeans
というコマンドを実行したところ

  File "xxxx.py", line 14, in <module>
    from sklearn.cluster import KMeans
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/sklearn/__init__.py", line 57, in <module>
    from .base import clone
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/sklearn/base.py", line 11, in <module>
    from .utils.fixes import signature
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/sklearn/utils/__init__.py", line 10, in <module>
    from .murmurhash import murmurhash3_32
  File "numpy.pxd", line 155, in init sklearn.utils.murmurhash (sklearn/utils/murmurhash.c:5029)
ValueError: numpy.dtype has the wrong size, try recompiling
[Finished in 2.0s with exit code 1]

と出てしまいました。
一応私なりに必要なものはインストールしたつもりなのですが、どこが原因なのでしょうか？
pip listで確認したところ以下の物がインストールされていました。
Benchmarker (4.0.1)
et-xmlfile (1.0.0)
jdcal (1.0)
memory-profiler (0.41)
mysql-connector-python (2.0.4)
numpy (1.11.1)
openpyxl (2.3.0b1)
pandas (0.18.1)
pip (8.1.2)
psutil (4.3.0)
PyMySQL (0.7.6)
python-dateutil (2.5.3)
pytz (2016.6.1)
scikit-learn (0.17.1)
scipy (0.18.0)
setuptools (15.2)
six (1.10.0)
vboxapi (1.0)
xlrd (0.9.4)

またScikit-learnのHP(?)に

Scikit-learn requires:

Python (>= 2.6 or >= 3.3),
NumPy (>= 1.6.1),
SciPy (>= 0.9).

と書いてあったのですが、scipyのバージョンがあっていませんか？
私自身あっていないと思ったので
pip install -U scipy
と実行したのですが
Requirement already up-to-date: scipy in ./site-packages
Requirement already up-to-date: numpy>=1.7.1 in ./site-packages (from scipy)
とでて最新版っぽいです。

その後にhttp://blog.livedoor.jp/riku_kanzaki/archives/2014-10.html
を参考に
$ sudo easy_install -U numpy

$ pip freeze | grep numpy
numpy==1.9.0

$ pip freeze | grep pandas
pandas==0.14.1
を実行しましたが、何をやっているかもわからず、しかも結果は変わりませんでした。

プログラミング初心者で専門用語などわかりませんが、よろしくお願いします。

Answer 1

ウェブ検索すると、stackoverflowにそのまんまのタイトルで事例がみつかります。

• ValueError: numpy.dtype has the wrong size, try recompiling

numpyはバージョン間でABIに互換性がないので、numpyをアップグレードするとnumpyを使うモジュールが動かなくなる、ということらしいです。

numpyを使っているモジュール (質問中で示しておられるスタックトレースによれば、今回はsckit-learnでしょうか) を再コンパイル、再インストールしてやれば、アップグレードされたnumpyで動くモジュールになるのではないでしょうか。

$ pip uninstall scikit-learn
$ pip install scikit-learn --no-cache-dir

インストールの際に--no-cache-dirを指定して、確実に再コンパイルされるようにします。