MySQLをLinuxで起動し、作ったデータがphpmyadminに反映されない

###前提・実現したいこと
mysqlで作ったデータ（DBやテーブル等）がphpmyadminに反映されない
###発生している問題・エラーメッセージ

接続エラー:SQLSTATE[HY000] [1049] Unknown database '任意のDB'

###該当のソースコード

ここにご自身が実行したソースコードを書いてください

$dsn = 'mysql:host=localhost;dbname=***;charset=utf8';
$user = 'root';
$pass = 'root';

 try{
$db = new PDO($dsn,$user,$pass);
print "接続成功";
} catch(PDOException $e){
  print "接続エラー:{$e->getMessage()}";
}finally{
  $db=null;

}

###試したこと
上記をターミナルでmysqlを起動し、入力したのですがデータベースが無いと返ってきたので、試しにphpmyadminに存在するDBをdsnに入れて実行すると成功しました。
つまり、mysqlで作ったDBがphpmyadminで反映されていないことになります。
mysqlで作ったDBをphpmyadminでも反映させることはできますでしょうか。
どなたかご教示お願いします。

###補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)
より詳細な情報