Lets Encryptの証明書ファイルが消えた

Question

お世話になっております。

現在WebサイトをSSL化して運用しています。
SSLにはLet's Encryptを使用したのですが、/etc/letsencrypt/live/example.comから証明書ファイルが消えてしまいました。/liveディレクトリもありません。
WebサイトのSSLは有効で、作成当初の予定通り、有効期限が9月末になっています。

前回の証明書作成には

cd certbot
./certbot-auto certonly --manual

とチャレンジ・レスポンス認証の方法で証明書を作成しました。

ですが、証明書ファイルを確認したところ

sudo ls /etc/letsencrypt/live/example.com

No such file or directoryとなり、/etcの中身を確認すると、どうやら/letsencryptがないようです。
追記: なかったはずの/letsencryptがなぜか復活したのですが、中身が空のようです。.certbot-autoコマンドを色々行ったからかもしれませんが。。。

また

cd certbot
./certbot-auto renew

とするとまだ有効期限が長いのでNo renewals were attemptedとなります。

このように証明書ファイルが消えた場合、どのような手段を取るべきなのでしょうか？
宜しくお願い致します。