WindowsでATOMのGit-Controlパッケージを利用したい

ATOMのGit-Controlパッケージを利用する事が出来ません。

全てのコマンドで下記のようなエラーが返却されてしまいます。

fatal: Not a git repository (or any of the parent directories): .git

これはGitコマンド実行の結果、該当ディレクトリがGit管理下でないという事であると理解しています。
また、Git Bashを立ち上げた際の初期ディレクトリが"\C:Windows"となっており、これが原因かな？と踏んでいます。

そこで質問です。

現在、Git For Windowsを利用しておりますが、「Git Bash Here」実行時に立ち上がる「cmd.exe」の初期ディレクトリを「Git Bash Here」が実行された階層へ変更する方法はないでしょうか？
（※現在は"\C:Windows"となってしまっています）
またはもっと直接的に、Git-Control上でコマンド実行される階層をプロジェクトルートとする方法はないでしょうか？

ご存知の方が居られましたらご教示いただけますと幸いです。

補足:

• 環境はWindows10: Home
• 環境変数$HOMEは特に指定されておらず、.bashrc等も利用していません
• cmd.exeの文字コードがUTF-8となるよう起動時にchcp65001を叩いています（ regedit ）
• MinTTYでは希望通りの動作が確認できました
• ProcessExplorerというツールで確認したところgit-bash.exeの初期フォルダは希望通りとなっているものの、そこからcmd.exeへ階層が渡せていない（?）

# ProcessExplorerから見たプロセスツリー

git-bash.exe
└ cmd.exe
 ├ conhost.exe
 └ bash.exe