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pyperでPythonからRのコードが実行できない

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JohnAlfredson

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問題

Python(3)とRを使って、Python側の文字列をRに渡して形態素解析、特徴語の抽出をさせ、結果をCSVに書き込むというプログラムを作ろうとしているのですが、python側からRを呼び出すのに問題があるのか、1度プログラムを動かしても結果を書き込む先のCSVにはセル一つ書き込みが無く、Rが実行されているのか怪しい状態です。どうやったら解決できるでしょうか?

使用ライブラリ

Python:pyper,csv

R:RMeCab

Pythonのコード

import pyper
import csv

解析するテキストの用意
sample = open('sample.txt', 'r')
data = sample.read()

print(data)

Rにテキストを渡して解析させる
r = pyper.R()
r.assign("data", data)
r("source(file='TextMining.R')")

結果の表示先のcsvファイルを開く
miningresult = open("result.csv", 'r')
reader = csv.reader(miningresult)

csvの列を表示
for row in reader:
print(row)

Rのコード

library(RMeCab)
res <- RMeCabFreq(data)
res_noun <- res[res[,2]=="名詞",]
res_noun <- res_noun[!res$Info2 %in% c("数","非自立","接尾"),]
res_noun <- res_noun[nchar(res_noun$Term)>3,]
res_noun <- res_noun[order(res_noun$Freq, decreasing=T),]
res_noun <- head(res_noun, n=10)
write.csv(res_noun, "result.csv", quote=FALSE, row.names=FALSE)
dev.off()

実行結果

[]

*追記
r("source(file='TextMining.R')")

print(r("source(file='TextMining.R')"))
にして実行してみたところ
[1] TRUE

print("R command at time: 1466773692.4431365")
[1] "R command at time: 1466773692.4431365"
try({source(file='TextMining.R')})
Error in source(file = "TextMining.R") : 

と表示されました。pyperを使用したことがある方、何が悪いのかわかるでしょうか?

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回答 1

+2

まず、どこに問題があるかを特定する必要があります。
高機能なデバッガがあれば楽ですが、とりあえずは一つ一つ確認していくしかありません。

Python(3)とRを使って、Python側の文字列をRに渡して

  • Python側で変数に想定した文字列が格納されているのか→変数を表示したりログファイルに書き込んだりで確認→変数が想定したとおりになっていなければそこを修正
  • Rが実行されているかどうか→Rの先頭で適当な文字列をログファイルに出力して、実行されたかどうかを確認できるようにする
  • R側で文字列を受け取れたかどうか→文字列を受け取った直後にその文字列をログファイルに書き込んで確認→文字列が受け取れてなければ、Python側の渡し方かRの受け取り方の問題なのでこの方法を確認しなおす。

形態素解析、特徴語の抽出をさせ、結果をCSVに書き込む

そもそもR側が想定通りに動作しているかをR単体で確認してみる。→動作しない場合→Rを修正

という感じで一つ一つ範囲を狭めていってみてください。

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