私の環境でも同じように黄色になっていますが特に問題ないと思います。
おそらくAndroid Studioが勝手に作るディレクトリで人が触るものではないので黄色くなっているのではないかと思われます。
【追記】
すみません、肝心の回答の方が抜けていました。
該当のエラーはAndroid Studio2.0から導入されたInstant Runという機能についてのものです。
これはコードを修正した後にインストールし直すことなく開発中のアプリを修正できるものなのですが、これを使うにあたっての条件が足りないのかもしれません。
一度下記の設定の部分がどうなっているか確認してみていただけますか?
場合によってはいったんInstant Runを諦めてEnable Instant Run to hot swap code・・・
のチェックをオフにして試してみるといいかもしれません。