Ubuntuがソフトウェアアップデートを行うたびにGUIの操作が不能になる

Question

私は今Ubuntu14.04LTSを使用しています。

このコンピュータはソフトウェアアップデートを行うたびにメニューバーが消失し右クリックも機能しなくなるなどのGUIの不良が発生します。
私はそのたびにCUIでdconfフォルダを削除し再起動することで修正しています。そのため設定が毎回初期状態に戻ってしまい困っています。

どなたかこれを解決する方法を教えていただけませんでしょうか？

いままでにやった対処法は、
・NVIDIAドライバの更新
・unityやcompizの設定の初期化
です。以上よろしくお願いします。