CNNの使用について np.concatenateの使い方がわかりません。

Question

前提・実現したいこと

大学の研究で胸部X線画像の解析として、CNNを使うのですが、以下のようなエラーに遭遇してしましました。numpy配列の扱いがわからず、解決方法がわからなくて困っています。

発生している問題・エラーメッセージ

ValueError: Object arrays cannot be loaded when allow_pickle=False

以下のコードを実行したらエラーが発生しました。
concatenateは4つ結合することはできないのでしょうか？

a = np.load('/content/gazou_np.npz')

x = np.concatenate([a['arr_0'],a['arr_1'],a['arr_2'],a['arr_3']])
bacteria_label = np.array([0]*len(a['arr_0']))
virus_label = np.array([1]*len(a['arr_1']))
normal_label = np.array([2]*len(a['arr_2']))
covid19_label = np.array([3]*len(a['arr_3']))
y = np.concatenate([bacteria_label, virus_label, normal_label, covid19_label])
y = np.array(y)
print(x.shape)
print(y.shape)
x_train, x_test, y_train, y_test = train_test_split(x, y, test_size = 0.20)

コードの全文は以下のようになります。

#分類するカテゴリの数
num_classes = 4

bacteria = []
virus = []
normal = []
covid19 = []

bacteria, virus, normal, covid19 のそれぞれのリストを作り、

w = glob.glob("/content/drive/MyDrive/resize/bacteria_small/*.*")
i = 1
for file in w:
  img_bacteria = cv2.imread(file)
  img_bacteria = np.array(img_bacteria)
  bacteria.append(img_bacteria)
bacteria = np.array(bacteria)

x = glob.glob("/content/drive/MyDrive/resize/virus_small/*.*")
i = 1
for file in x:
  img_virus = cv2.imread(file)
  img_virus = np.array(img_virus)
  virus.append(img_virus)
virus = np.array(virus)

y = glob.glob("/content/drive/MyDrive/resize/normal_small/*.*")
i = 1
for file in y:
  img_normal = cv2.imread(file)
  img_normal = np.array(img_normal)
  normal.append(img_normal)
normal = np.array(normal)

z = glob.glob("/content/drive/MyDrive/resize/covid19_small/*.*")
i = 1
for file in z:
  img_covid19 = cv2.imread(file)
  img_covid19 = np.array(img_covid19)
  covid19.append(img_covid19)
covid19 = np.array(covid19)
np.savez('gazou_np', bacteria, virus, normal, covid19)

画像ファイルをnumpy配列化し、リストに追加していきま

インポートしたモジュールです。

from keras.utils import np_utils
from keras.models import Sequential
from keras.layers.convolutional import MaxPooling2D
from keras.layers import Activation, Conv2D, Flatten, Dense, Dropout
from sklearn.model_selection import train_test_split
import numpy as np
import keras
import glob
import matplotlib.pyplot as plt
import time
import os
import cv2
!pip install tensorflow
!pip install tensorflow-gpu
!pip install keras

Answer 1

• concatenateは4つ結合することはできないのでしょうか？

その前のnumpy.loadでエラーが起きています。

numpy.load()でObject arrays cannot be loaded when allow_pickle=Falseが発生する場合の対処法に書かれているように、

セキュリティ上の懸念がないことを確認した上で、以下のようにallow_pickleオプションを指定してやれば良い。

np.load('/path/to/file.npy', allow_pickle=True)

です。

セキュリティの部分をよく読んでから実行することをお勧めします。

Comments

[fairlady]

ありがとうございます。解決することができました。