情報の追加・修正依頼部分でのやりとりに限界がありそうなので回答として。
※やり取りの経緯でマイナス評価もついてしまっているようなので、もう少し具体的に解決に向かいましょうか。
CentOSとWindowsにおけるApacheコマンド相違は「ほとんどない」かと思います。
(コマンドが差す範囲がApacheバイナリと勝手に解釈しています)
また設定に関するディレクティブであれば、otnさまのコメントにあるようにOSによる相違はないですね。
ただ、サービスとして動作させる時にCentOS(Linux系)とWindows(系)とでは仕組みが違うので一部異なる部分があります。(正確にはApacheのコマンドではないですが、サービス停止時のkillなど)
そのため、『どのコマンド、何をしたいのか』という情報追加依頼をさせていただきました。
ただし、起動停止などについてはWindowsではbatファイル、Linux系ではshellという形式で同じように扱えるように機能が提供されています。(よく使うものは?かもしれません。違っていたら有識者の方、ご指摘をお願いします)
Apacheバイナリ(コマンド)にどのようなものがあるのか、については公式のページを見るのが一番良いでしょう。
起動、停止、情報確認、設定ファイルのチェックなどのコマンドがあります。
通常運用時はほとんど使うことはないですが、サーバ構築(セットアップ)時や障害発生時には情報確認関連コマンド、サービス起動をコマンドで行う運用の場合には停止起動コマンドをよく使うでしょう。
さて、いろいろと書かせていただきましたが、最終的にtidavestさまがご懸念されている点や困っている点は何でしょうか?