PHP　DBから抽出データ、配列、SESSION、class

MVCは自信ないのでoptionの件だけ・・・

最後のoptionが空になるのはfor ($i = 0; $i <= $cnt; $i++)のせいですね
count($_SESSION['rows'])でデータ数を取得していますが実際のデータは0から始まるので
for ($i = 0; $i < $cnt; $i++)としてあげてください。

$data配列のデータ数が2の場合は$data[0]と$data[1]の2つだけと考えて見てください。

とりあえず自分の好みでいうとこんな感じかなあ

[index.php]
<!-- select_box -->
<select name='select_box'><option></option>
<?php echo select_box(); ?>
</select>

[db.php]
function select_db($sql) {
  $dbh = connectDb();
  $dbh->setAttribute(PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES, false);
  $stmt = prepare($sql);
  $stmt->execute();
  return $stmt->fetchAll();
}

[processing.php]
function select_box() {
  $sql = "SELECT id, name FROM users ORDER BY id ASC";
  $ret = '';
  foreach (select_db($sql) as $row) {
    $id = $row['id'];
    $name = $row['name'];
    $ret .= "<option value=" . $id . ">" . $name . "</option>\n";
  }
  return $ret;
}

基本的にDBのクラスからはHTMLを出力したりするのはメンテしにくくなるので、単純に配列出会ったり、オブジェクトを返すだけにしたほうが汎用性が上がります。
スケルトンで書いてみましたが、以下のようにクラスを実装してみては？

<?php

class MySQL
{

    /**
     * ホスト
     */
    private $host = 'localhost';

    /**
     * データベース
     */
    private $database = 'database';

    /**
     * ユーザー
     */
    private $user = 'root';

    /**
     * パスワード
     */
    private $pass = '';

    /**
     * DSN
     */
    private $dsn = null;

    /**
     * 接続
     */
    private $dbh = null;

    /**
     * コンストラクタ
     */
    public function __construct()
    {
        $this->connect();
    }

    /**
     * 接続する
     * @return $dbh
     */
    private function connect()
    {
        $this->dsn = "mysql:dbname={$this->database};host={$this->host};charset=utf8";
        $this->dbh = new PDO($this->dsn, $this->user, $this->pass);
    }

    /**
     * SELECT
     * @param string $sql
     * @param array $arrParams
     * @return array
     */
    public function select($sql, $arrParams)
    {
        // @todo
        return $arrRecords;
    }

    /**
     * UPDATE
     * @param string $sql
     * @param array $arrParams
     * @return bool
     */
    public function update($sql, $arrParams)
    {
        // @todo
        return $bool;
    }

    /**
     * INSERT
     * @param string $sql
     * @param array $arrParams
     * @return int
     */
    public function insert($sql, $arrParams)
    {
        // @todo
        return $insertId;
    }

}