Eclipse上のJrubyでrequireするには？

こんにちは。解説サイトの見よう見まねでEclipseでRuby,Jrubyの開発をできるようにしました。
(Rubyのインタープリター？で、最初、rbenvでインストールしたJrubyのファイルを選び、スクリプトを実行しましたがエラーが出たので、Jrubyを公式サイトからダウンロードしてきて、そちらを選択したら動きました。)
ここで、RubyのNokogiriとAnemoneという外部ライブラリ？をEclipse上でrequireしたいのですが、やり方がわかりません。
普通にNokogiri,Anemoneをrequireしてもエラーになります。
ターミナルでgemやらrbenvやらで、シェル？とかそういうのを全然知らないままいろいろインストールしてしまっているので、パスがいろいろおかしいことになっている可能性があります。
そもそも、Terminal上でRubyスクリプトを実行するのとEclipse上で実行するのでは、何が違うのでしょうか・・・？
無知ですみません。デベロッパの方達からしたら、なにいってんだこいつ状態だと思いますが、よろしければ教えてください。