Makefile.gnuをコンパイラするときのエラーを解決したいです。

Question

前提・実現したいこと

プログラムの初心者です。
現在Makefile.gnuをMakeしたいのですが、以下のエラーが出ます。
C++のコードとfortranのコードを使用しており、プログラムでエラーが発生しています。
このエラーの解決を行いたいです。
以前リンクでのエラーとのご指摘がありましたが、まだわかりませんでした。
このエラーに対する原因として考えられるものは何があるでしょうか。
ご回答よろしくお願いします。

発生している問題・エラーメッセージ

sdfReinit3d.F:(.text+0x15b): `_gfortran_allocate64_array' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x2ba): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x2d4): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
/home/ee174039/ドキュメント/SDFlib/sample/../usr/local/sphere/lib/libSDF.a(sdfReinit3d.o): 関数 `reinit3d_weno_' 内:
sdfReinit3d.F:(.text+0x1442): `_gfortran_allocate64_array' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x1505): `_gfortran_allocate64_array' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x15d6): `_gfortran_allocate64_array' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x34f5): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x3504): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x3513): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x352d): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x3547): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
/home/ee174039/ドキュメント/SDFlib/sample/../usr/local/sphere/lib/libSDF.a(sdfReinit3d.o):sdfReinit3d.F:(.text+0x3561): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照がさらに続いています
/home/ee174039/ドキュメント/SDFlib/sample/../usr/local/sphere/lib/libSDF.a(sdfReinit3d.o): 関数 `sdf_reinit3d_eno2_' 内:
sdfReinit3d.F:(.text+0x388e): `_gfortran_allocate64_array' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x3af6): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x3b10): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
/home/ee174039/ドキュメント/SDFlib/sample/../usr/local/sphere/lib/libSDF.a(sdfReinit3d.o): 関数 `sdf_reinit3d_weno_' 内:
sdfReinit3d.F:(.text+0x3c2e): `_gfortran_allocate64_array' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x3e96): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です
sdfReinit3d.F:(.text+0x3eb0): `_gfortran_deallocate' に対する定義されていない参照です

###code model

#
# Makefile for SDFlib sample
#
HAVE_FC=yes

# override 'G' to optimize
G = -g

# override 'PREFIX' to specify your installed dir
ROOT = $(PWD)
PREFIX = $(ROOT)/../usr/local/sphere

SDFDIR = $(PREFIX)

PROGS = sdfTest

CXX = c++
CXXFLAGS = $(G) -I$(SDFDIR)/include/sdf
LD = $(CXX)
LDFLAGS = $(G) -L$(SDFDIR)/lib
LDLIBS = -L$(SDFDIR)/lib

FC = gfortran
FFLAGS = $(G) -I$(SDFDIR)/include/sdf
LDF = $(FC)
LDFLAGSF = $(G) -L$(SDFDIR)/lib
LDLIBSF = -lSDF -lm -lstdc++

ifeq ($(HAVE_FC),yes)
    LDLIBS += -lSDF -lgfortran
    PROGS += fortTest
endif



TARGET = $(PROGS)

all : $(TARGET)

sdfTest : sdfTest.o
    $(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $< $(LDLIBS)

fortTest : fortTest.o
    $(LDF) $(LDFLAGSF) -o $@ $< $(LDLIBS)


clean:
    $(RM) *.o test_out*

distclean: clean
    $(RM) $(PROGS)

試したこと

言語間結合について学習しました。

Comments

[jbpb0]

情報が少なくて、よく分かりません

OSは何でしょうか？

c++とは、g++ですか？

質問のエラーメッセージは、makeのどの部分を実行してる時のものですか？
Makefileを見ると、
・sdfTest.? をコンパイルして sdfTest.o ができる
・sdfTest.o とライブラリ(-lSDF -lgfortranで指定)から、c++ を使って sdfTest ができる
という過程を経るようですが、最後のところのエラーですか？

-lSDF のライブラリファイル(libSDF.a かな？)は、自分でソースからコンパイルして作ったものですか？
それとも、ライブラリファイルを入手して使っているのですか？

[haharuru]

返信ありがとうございます。
OSはCentOS６のLinuxを使用しています。

質問のエラーメッセージが、どこの部分指しているのかがわからないのが現状です。

リンクの部分でlibSDF.aを使用していますが、この中身はこちらです。↓
SYMBOL TABLE:
0000000000000000 l df *ABS* 0000000000000000 sdfReinit3d.F
0000000000000000 l d .text 0000000000000000 .text
0000000000000000 l d .data 0000000000000000 .data
0000000000000000 l d .bss 0000000000000000 .bss
0000000000000000 l d .rodata.cst4 0000000000000000 .rodata.cst4
0000000000000000 l d .eh_frame 0000000000000000 .eh_frame
0000000000000000 l d .note.GNU-stack 0000000000000000 .note.GNU-stack
0000000000000000 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC1
0000000000000004 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC2
0000000000000008 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC3
000000000000000c l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC5
0000000000000014 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC8
0000000000000010 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC7
000000000000002c l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC14
0000000000000024 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC12
0000000000000020 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC11
0000000000000030 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC15
0000000000000018 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC9
000000000000001c l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC10
0000000000000028 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC13
0000000000000034 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC16
0000000000000038 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC17
000000000000003c l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC18
0000000000000040 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC19
0000000000000044 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC20
0000000000000048 l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC22
000000000000004c l .rodata.cst4 0000000000000000 .LC23
0000000000000000 l d .comment 0000000000000000 .comment
0000000000000000 g F .text 0000000000000047 sw_
0000000000000050 g F .text 00000000000012a8 reinit3d_eno2_
0000000000000000 *UND* 0000000000000000 _gfortran_allocate64_array
0000000000000000 *UND* 0000000000000000 _gfortran_deallocate
0000000000001300 g F .text 0000000000002485 reinit3d_weno_
0000000000003790 g F .text 000000000000039d sdf_reinit3d_eno2_
0000000000003b30 g F .text 000000000000039d sdf_reinit3d_weno_

自分の予想では、
sdfTest : sdfTest.o
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $< $(LDLIBS)

fortTest : fortTest.o
$(LDF) $(LDFLAGSF) -o $@ $< $(LDLIBS)

この部分でエラーが発生しているのではないかと考えています。

[haharuru]

＞c++とは、g++ですか？

ｃ＋＋コンパイラを使用しているので、ｃ＋＋で間違えないと考えています。

[jbpb0]

> ｃ＋＋コンパイラを使用しているので、ｃ＋＋で間違えない

c++ --version

を実行したら、どうなりますか？

> 質問のエラーメッセージが、どこの部分指しているのかがわからない

sdfTest.o はありますか？
fortTest.o はありますか？

sdfTest.o のソースの言語は何ですか？
sdfTest.拡張子 というファイルがあると思いますが、その拡張子は何ですか？
たぶん、cpp, f あたりだと思いますが

libSDF.a は、自分でソースからコンパイルして作ったものですか？
それとも、ライブラリファイルを入手して使っている(他人が作った libSDF.a を使ってる)のですか？

[jbpb0]

もう一つ

gfortran --version

の結果も教えてください

さらにもう一つ

yum list installed | grep gfortran

の結果も教えてください

[jbpb0]

https://teratail.com/questions/342174
で、itagagakiさんが
「objdump -t libgfortran.a の結果はどうですか？」
と聞いてますけど、答えてませんよね
それ重要なのですが、やってみましたか？

【追記】 すみません
見落としてました
「objdumpで、libSDF.aとlibgfortran.aの中身は同じになっていました。」
って書いてましたね
上記の「同じになってました」というのは、
objdump -t libgfortran.a
の結果も、
0000000000000000 *UND* 0000000000000000 _gfortran_allocate64_array
0000000000000000 *UND* 0000000000000000 _gfortran_deallocate
と、未定義(UND)だったということでしょうか？

[haharuru]

お返事ありがとうございます。
コマンド：c++ --version
c++ (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-23)
Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

コマンド：gfortran --version
GNU Fortran (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-23)
Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.

GNU Fortran comes with NO WARRANTY, to the extent permitted by law.
You may redistribute copies of GNU Fortran
under the terms of the GNU General Public License.
For more information about these matters, see the file named COPYING

コマンド：yum list installed | grep gfortran
gcc-gfortran.x86_64 4.4.7-23.el6 @base
libgfortran.x86_64 4.4.7-23.el6 @base/$releasever

＞sdfTest.o はありますか？
＞fortTest.o はありますか？
両方ともあります。
（追記）
sdfTest.oに関しては所有権がrootになっていましたが、これは関係あるのでしょうか。

追記に関して：
その通りです。未定義となっていました。
（追記）
libSDF.aに関しては他人が作ったものを入手しています。

＊今現在＊
実行ファイルである、sdfTest.exeが不足していたため、それを追加したところ、定義が参照されて問題は解決しました。
・・・・・・・・・・
また次の問題が出たので、新しく質問で出そうと考えている内容です。。
[root@localhost sample]# ./sdfTest
./sdfTest: error while loading shared libraries: libgfortran.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

これはlibgfortran.soが不足しているということでしょうか、もしくはアクセスの権限がないということでしょうか。

[jbpb0]

> sdfTest.exeが不足していたため、それを追加した

上記「sdfTest.exe」は、自分でコンパイルして作ったものではなく、他人が作ったものですか？
それがあって使えるなら、そもそもmakeを行う必要がないですよね

[jbpb0]

> その通りです。未定義となっていました。

https://github.com/gcc-mirror/gcc/blob/master/libgfortran/ChangeLog-2007
に、下記の記述があります

2007-08-29 Francois-Xavier Coudert <[e-mail]>
* runtime/memory.c (internal_realloc, allocate, allocate_array,
deallocate): Remove functions.
* gfortran.map (_gfortran_allocate, _gfortran_allocate_array,
_gfortran_deallocate, _gfortran_internal_realloc): Remove symbols.
* libgfortran.h (error_codes): Add comment.

2007-07-01 Janne Blomqvist <[e-mail]>
* runtime/memory.c (internal_realloc): Use index_type for size
argument instead of GFC_INTEGER_4.
(allocate_array): Likewise.
(allocate): Likewise, add ifdef around unnecessary check.
(internal_reallo64): Remove.
(allocate_array64): Remove.
(allocate64): Remove.
* gfortran.map: Remove symbols for 64-bit allocation functions.

そこで、過去のバージョンの「runtime/memory.c」を調べました
https://github.com/gcc-mirror/gcc/blob/releases/gcc-4.2.4/libgfortran/runtime/memory.c
には allocate64_array, deallocate がありますが、
https://github.com/gcc-mirror/gcc/blob/releases/gcc-4.3.0/libgfortran/runtime/memory.c
にはありません

gcc 4.3.0以降のlibgfortranには allocate64_array, deallocate が入ってないようです

> libgfortran.x86_64 4.4.7-23.el6 @base/$releasever

質問者さんがお使いのlibgfortranのバージョンは4.4.7で4.3.0以降ですから、allocate64_array, deallocate が無いので、リンク時に未定義になると思います

> libSDF.aに関しては他人が作ったものを入手しています。

libSDF.a が allocate64_array, deallocate を必要とするのなら、それがコンパイルされた時に使われたlibgfortranが、gcc 4.3.0よりも前のバージョンのものだったのではないですかね

[haharuru]

確かにかなり古いファイルです。
古いバージョンのコンパイラをインストールを試みてみます。
makeに関してもう少し学習を進めます。

ご教授ありがとうございました。

[jbpb0]

対策は、おそらく下記のどれかでいけると思います
・libSDF.a を現在使ってるコンパイラで作り直す (ソースが必要ですが)
・gcc 4.3.0よりも前のバージョンを一式インストールして、libSDF.a を使う場合はそれを使う
・allocate64_array, deallocate が入っている過去のバージョンの「runtime/memory.c」から、必要な部分だけ取り出したC言語ソースファイルを作り、それをコンパイルした「*.o」ファイルも libSDF.a と一緒にリンクさせる

[jbpb0]

> libgfortran.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

おそらく、libgfortran.a があるところに、libgfortran.so がファイル名に付いてるファイルがあると思うので、それとのシンボリックリンクを libgfortran.so.1 というファイル名で作って、それを「sdfTest」が実行時に見つけられるように設定すれば、「No such file or directory」は出なくなると思います

ただし、gcc 4.4.7の libgfortran.so* には、libgfortran.a と同様に allocate64_array, deallocate は入ってないはずなので、やはり未定義エラーになって実行できないと思います

[haharuru]

対策に関する情報、誠にありがとうございます。
まずはgcc 4.3.0よりも前（gcc4.3.0を含む）のバージョンを一式インストールしようと思います。
ありがとうございました。

[jbpb0]

> gcc 4.3.0よりも前（gcc4.3.0を含む）のバージョンを一式インストール

4.3.0はダメです
それよりも前の

[jbpb0]

あと、実質同じ内容の質問を何度も投稿するのは、よくないです

参考
https://teratail.com/help/avoid-asking
の「過去に投稿した質問と同じ内容の質問」

Answer 1

ChangeLog-2007 に、下記の記述があります

2007-08-29 Francois-Xavier Coudert [e-mail]

• runtime/memory.c (internal_realloc, allocate, allocate_array,

deallocate): Remove functions.

• gfortran.map (_gfortran_allocate, _gfortran_allocate_array,

_gfortran_deallocate, _gfortran_internal_realloc): Remove symbols.

• libgfortran.h (error_codes): Add comment.

2007-07-01 Janne Blomqvist [e-mail]

• runtime/memory.c (internal_realloc): Use index_type for size

argument instead of GFC_INTEGER_4.
(allocate_array): Likewise.
(allocate): Likewise, add ifdef around unnecessary check.
(internal_reallo64): Remove.
(allocate_array64): Remove.
(allocate64): Remove.

• gfortran.map: Remove symbols for 64-bit allocation functions.

そこで、過去のバージョンの「runtime/memory.c」を調べました
gcc-4.2.4 には allocate64_array, deallocate がありますが、
gcc-4.3.0 にはありません

gcc 4.3.0以降のlibgfortranには allocate64_array, deallocate が入ってないようです

libgfortran.x86_64 4.4.7-23.el6 @base/$releasever

質問者さんがお使いのlibgfortranのバージョンは4.4.7で4.3.0以降ですから、allocate64_array, deallocate が無いので、リンク時に未定義になると思います

対策は、おそらく下記のどれかでいけると思います
・libSDF.a を現在使ってるコンパイラで作り直す (ソースが必要ですが)
・gcc 4.3.0よりも前のバージョンを一式インストールして、libSDF.a を使う場合はそれを使う
・allocate64_array, deallocate が入っている過去のバージョンの「runtime/memory.c」から、必要な部分だけ取り出したC言語ソースファイルを作り、それをコンパイルした「*.o」ファイルも libSDF.a と一緒にリンクさせる