FTPクライアントソフト（Cyberduck）を使ってサイトを公開したいが、うまくできない。

■やりたいこと

■現状

【状況の詳細】

・エックスドメインで契約したドメインを、契約済のコノハウィングサーバー（１サーバー、３ドメイン持っています。内２ドメインはブログで使用中で残りの１つが今回追加したものです）でFTPクライアントソフト（Cyberduck）を使ってサイトを公開したいが、ファイル選択の画面に対象のファイルが出てこず「error」のファイルしか表示されない。

【試したこと】

①エックスドメインの「ネームサーバー設定」を下記のように変更した。
・ドメイン適用先サービス
エックスサーバー　→ 「その他のサービスで利用する」
・ネームサーバー1、2、3
初期設定状態　→ コノハのネームサーバーを３つ入力

②コノハウィングの「ドメイン追加」に、取得したドメインを追加した。

③取得したドメインでFTPアカウントを作成した。

④③の情報をCyberduckに入力した。

可能な限り調べたのですが分からず、朝から数時間消耗しております。
もしわかる方がいらっしゃいましたら、お知恵をお貸しくださいませ。

状況の更新

＜最初に行った手順＞
１、Cyberduckの「新規ブックマーク」にコノハで作ったFTPアカウントの情報３つ（サーバー、ユーザー名、パシワード）を入力
↓
２、「logs」「public_html」のフォルダが表示される
↓
３、「public_html」を開くと、コノハで保有してる３つのドメイン名のフォルダが表示される
↓
４、今回作ったドメイン名のファイルを開くと、「error」のフォルダが表示される

＜その後行ったこと＞
・ググったところ、「public_html」の直下にデータを入れるべきだそうなので、上記の３の状態の階層に、HTMLデータの中身を選択しドラッグするも、「書き込むことができない」と表示された

・３の状態でダメだったので、４の状態の階層に同じ動作を行うと、書き込みはできたが、Chromeでサイトを開くと「404 Not Found」が表示された（これ以上何も書かれていませんでした）

・コノハウィングとも1時間半待ちお話しできましたが、解決方法を聞き出せませんでした。