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R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

関数型プログラミング

関数型プログラミングとは、関数を用いて演算子を構築し、算出し、コンピュータプログラムを構成する枠組みです。

統計

統計は、集団現象を数量で把握することです。また、調査で得られた性質や傾向を数量的に表したデータのことをいいます。

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投稿2021/03/22 14:39

編集2021/03/25 11:15

ノンパラメトリックのデータについて2群(男女)の比較を行いたいと思っております。
縦断研究で2群(男女)のデータを取りました。
csvデータをRStudioに取り込みました。
データはdfに格納しました。
データを下記に示します。
ID Gender  Grade tonsil
1 1 Male 2 11.100
2 2 Male 2 9.900
3 3 Female 2 18.328
..........
100 206 Female 4 14.578
101 207 Female 4 36.869
102 209 Male 4 99.263
103 200 Male 4 71.199
........
250 511 Male 6 20.826
251 513 Male 6 69.097
252 514 Female 6 88.655
253 517 Female 6 61.498
254 519 Female 6 85.226

となります。
データは正規分布ではないので、ノンパラメトリックでの検定を考えています。
パラメトリックな場合でしたら、二元配置分散分析を考えたのですが、残念ながらできません。
そこで、色々調べてみたら、下記の論文が見つかりました。
この論文は題名に記されているように、縦断研究のノンパラメトリックに有用でRを用いたものでした。

ここで、nparLDパッケージをインストールして
nparLD- An R Software Package for the Nonparametric Analysis of Longitudinal Data in Factorial Experiments.pdf
の論文に従って、交互作用を検証しようと思います。

ex.f1f1np <- nparLD(tonsil ~ Gender * Grade, data = df, subject = df$ID, description = FALSE)

を入力した際にエラーが出ました。
[.data.frame(data, , subject) でエラー: undefined columns selected
上記のように出たのですが、よくわかりません。

そこで、エラーを突き止めたいと思い、RStudioの中でエラー箇所の部分について、Inspect Elementから中をのぞきました。
その内容を下記に示します。
<span class="GGBOEFPDKVB ace_constant"> [.data.frame(data, , subject) でエラー: undefined columns selected
</span>
と、なっていました。

もしかしたら、的外れなことを記載しているかもしれません。
そして、提示した論文に関してもデータを抜き出して試してみたかったのですが、データの所在がありませんでした。

dfのデータ形式としては、IDは文字列型にGradeとGenderに関しては因子型としています。
どの様に修正をしたら良いのでしょうか?

どんな些細なことで良いので、ご助言いただければ大変助かります。
よろしくお願いいたします。

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FromMZ1500

2021/03/25 10:14

pdfのsampleの > data("rat") > ex.f1f1np <- nparLD(resp ~ time * group, data = rat, subject = "subject", description = FALSE) > plot(ex.f1f1np) が正常に動いているなら、その rat データの中身を df のものにすげかえていって、どこで動かなくなるか、とかで原因つきとめられませんか?
Kircheis

2021/03/25 11:18

質問を一部編集させていただきました。 しかしFromMZ1500様からのご提案を実行したかったのですが、データの所在が確認できませんでした。 そのため、Inspect Elementの内容を記載しております。 よろしくお願いいたします。
FromMZ1500

2021/03/25 11:30

ratデータの所在ですか。そのライブラリの中にあるのかな。 入力せずとも、これで出ました。 > library("nparLD") > data("rat") > print(rat) resp time group subject 1 46 0 control 1 2 49 0 control 2 3 49 0 control 3 4 51 0 control 4 ...... 25 59 0 thiour 25 26 59 0 thiour 26 27 61 0 thiour 27 28 70 1 control 1 29 67 1 control 2 ...... 131 108 4 thiour 23 132 138 4 thiour 24 133 122 4 thiour 25 134 122 4 thiour 26 135 129 4 thiour 27

回答1

1

自己解決

FromMZ1500様
非常に助かりました。
”rat”のデータと今回の私のデータで何が違うのかを検討いたしました。
私のデータには、一箇所NAがあり、データが抜けている部分がありました。
そこで、
df1 <- dplyr::filter(df, ID != 30)
として、df1のデータを作成いたしました。
その後
ex.f1f1np <- nparLD(tonsil ~ Gender * Grade, data = df1, subject = df1$ID, description = FALSE)
としたら、無事統計をすることができました。
パッケージの中にデータが入っているとは思いませんでした。
誠にありがとうございました。

投稿2021/03/25 12:01

Kircheis

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