Q&A
pdfのsampleの
> data("rat")
> ex.f1f1np <- nparLD(resp ~ time * group, data = rat, subject = "subject", description = FALSE)
> plot(ex.f1f1np)
が正常に動いているなら、その rat データの中身を df のものにすげかえていって、どこで動かなくなるか、とかで原因つきとめられませんか？
ノンパラメトリックのデータについて２群（男女）の比較を行いたいと思っております。
縦断研究で２群（男女）のデータを取りました。
csvデータをRStudioに取り込みました。
データはdfに格納しました。
データを下記に示します。
ID Gender Grade tonsil
1 1 Male 2 11.100
2 2 Male 2 9.900
3 3 Female 2 18.328
..........
100 206 Female 4 14.578
101 207 Female 4 36.869
102 209 Male 4 99.263
103 200 Male 4 71.199
........
250 511 Male 6 20.826
251 513 Male 6 69.097
252 514 Female 6 88.655
253 517 Female 6 61.498
254 519 Female 6 85.226
となります。
データは正規分布ではないので、ノンパラメトリックでの検定を考えています。
パラメトリックな場合でしたら、二元配置分散分析を考えたのですが、残念ながらできません。
そこで、色々調べてみたら、下記の論文が見つかりました。
この論文は題名に記されているように、縦断研究のノンパラメトリックに有用でRを用いたものでした。
ここで、nparLDパッケージをインストールして
nparLD- An R Software Package for the Nonparametric Analysis of Longitudinal Data in Factorial Experiments.pdf
の論文に従って、交互作用を検証しようと思います。
ex.f1f1np <- nparLD(tonsil ~ Gender * Grade, data = df, subject = df$ID, description = FALSE)
を入力した際にエラーが出ました。
[.data.frame(data, , subject) でエラー: undefined columns selected
上記のように出たのですが、よくわかりません。
そこで、エラーを突き止めたいと思い、RStudioの中でエラー箇所の部分について、Inspect Elementから中をのぞきました。
その内容を下記に示します。
<span class="GGBOEFPDKVB ace_constant"> [.data.frame(data, , subject) でエラー: undefined columns selected
</span>
と、なっていました。
もしかしたら、的外れなことを記載しているかもしれません。
そして、提示した論文に関してもデータを抜き出して試してみたかったのですが、データの所在がありませんでした。
dfのデータ形式としては、IDは文字列型にGradeとGenderに関しては因子型としています。
どの様に修正をしたら良いのでしょうか？
どんな些細なことで良いので、ご助言いただければ大変助かります。
よろしくお願いいたします。
質問を一部編集させていただきました。
しかしFromMZ1500様からのご提案を実行したかったのですが、データの所在が確認できませんでした。
そのため、Inspect Elementの内容を記載しております。
よろしくお願いいたします。
ratデータの所在ですか。そのライブラリの中にあるのかな。
入力せずとも、これで出ました。
> library("nparLD")
> data("rat")
> print(rat)
resp time group subject
1 46 0 control 1
2 49 0 control 2
3 49 0 control 3
4 51 0 control 4
......
25 59 0 thiour 25
26 59 0 thiour 26
27 61 0 thiour 27
28 70 1 control 1
29 67 1 control 2
......
131 108 4 thiour 23
132 138 4 thiour 24
133 122 4 thiour 25
134 122 4 thiour 26
135 129 4 thiour 27
回答1件
0
自己解決
FromMZ1500様
非常に助かりました。
”rat”のデータと今回の私のデータで何が違うのかを検討いたしました。
私のデータには、一箇所NAがあり、データが抜けている部分がありました。
そこで、
df1 <- dplyr::filter(df, ID != 30)
として、df1のデータを作成いたしました。
その後
ex.f1f1np <- nparLD(tonsil ~ Gender * Grade, data = df1, subject = df1$ID, description = FALSE)
としたら、無事統計をすることができました。
パッケージの中にデータが入っているとは思いませんでした。
誠にありがとうございました。
投稿2021/03/25 12:01
総合スコア10
あなたの回答
tips
プレビュー
