Wordpressの詳細・カテゴリー・固定ページがリンクは変わるが、トップテンプレが表示される

WordPressで詳細ページやカテゴリーページ、固定ページに遷移しようとするとURLは変わるのだが、トップページしか表示されない理由がわかりません。

http://example.com
http://example.com/news/1 これがトップのテンプレートが表示される
http://example.com/category/news これもトップのテンプレートが表示される

• 行ったこと・現状
  .htaccessは下記に記載。
  ・プラグインを停止
  ・robots.txtの変更

robots.txtやGoogle xml sitemapsでbotがアクセスできない状態になっていたので、その問題を解決しようとしていたら発生しました。
管理画面から入れているデータも多いため、なるべく初期化しないで解決できる方法を探しています。

どうかご教授ください。

# BEGIN WordPress

<IfModule mod_rewrite.c>

RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

# MULTI BLOG


# END WordPress

# BEGIN Lolipop [ http://lolipop.jp/manual/blog/wp-htaccess/ ]

<Files wp-login.php>
ErrorDocument 403 /lolipop_service_documents/wp-login-deny.html
Order deny,allow
Allow from all
</Files>

# END Lolipop


# ETags(Configure entity tags) を無視する設定
<IfModule mod_headers.c>
    Header unset ETag
</IfModule>
FileETag None

# Enable Keep-Alive を設定
<IfModule mod_headers.c>
    Header set Connection keep-alive
</IfModule>

# MIME Type 追加
<IfModule mime_module>
    AddType image/x-icon .ico
    AddType image/svg+xml .svg
    AddType application/x-font-ttf .ttf
    AddType application/x-font-woff .woff
    AddType application/x-font-opentype .otf
    AddType application/vnd.ms-fontobject .eot
</IfModule>

# プロクシキャッシュの設定（画像とフォントをキャッシュ）
<IfModule mod_headers.c>
<FilesMatch "\.(ico|jpe?g|png|gif|svg|swf|pdf|ttf|woff|otf|eot)$">
    Header set Cache-Control "max-age=604800, public"
</FilesMatch>
</IfModule>

# ブラウザキャッシュの設定
<IfModule mod_headers.c>
<IfModule mod_expires.c>
    ExpiresActive On

    # キャッシュ初期化（1秒に設定）
    ExpiresDefault "access plus 1 seconds"

    # MIME Type ごとの設定
    ExpiresByType text/css "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType text/js "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType text/javascript "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType image/gif "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType image/jpeg "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType image/png "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType image/svg+xml "access plus 1 year"
    ExpiresByType application/pdf "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType application/javascript "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType application/x-javascript "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType application/x-shockwave-flash "access plus 1 weeks"
    ExpiresByType application/x-font-ttf "access plus 1 year"
    ExpiresByType application/x-font-woff "access plus 1 year"
    ExpiresByType application/x-font-opentype "access plus 1 year"
    ExpiresByType application/vnd.ms-fontobject "access plus 1 year"
</IfModule>
</IfModule>

# Gzip圧縮の設定
<IfModule mod_deflate.c>
    SetOutputFilter DEFLATE

    # 古いブラウザでは無効
    BrowserMatch ^Mozilla/4\.0[678] no-gzip
    BrowserMatch ^Mozilla/4 gzip-only-text/html
    BrowserMatch \bMSIE\s(7|8) !no-gzip !gzip-only-text/html

    # 画像など圧縮済みのコンテンツは再圧縮しない
    SetEnvIfNoCase Request_URI \.(?:gif|jpe?g|png|ico)$ no-gzip dont-vary
    # プロクシサーバーが間違ったコンテンツを配布しないようにする
    Header append Vary Accept-Encoding env=!dont-vary

    AddOutputFilterByType DEFLATE text/plain
    AddOutputFilterByType DEFLATE text/html
    AddOutputFilterByType DEFLATE text/xml
    AddOutputFilterByType DEFLATE text/css
    AddOutputFilterByType DEFLATE text/js
    AddOutputFilterByType DEFLATE image/svg+xml
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/xml
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/xhtml+xml
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/rss+xml
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/atom_xml
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/javascript
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/x-javascript
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/x-httpd-php
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/x-font-ttf
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/x-font-woff
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/x-font-opentype
    AddOutputFilterByType DEFLATE application/vnd.ms-fontobject
</IfModule>

User-agent: *
Disallow: /wp-admin/
Allow: /wp-admin/admin-ajax.php