Q&A
fasta はそれでいいの?
Linuxでmedakaというプログラムを使用しようとしています。
それで、
https://github.com/nanoporetech/medaka
を参照して、
/home/username/localをカレントディレクトリとして、
virtualenv medaka --python=python3 --prompt "(medaka) "
. medaka/bin/activate
pip install medaka
としました。それで、medakaを使おうと思って、
/home/username/path…でシェルスクリプトを作成しました。
<シェルスクリプト>
#! /bin/bash
#$ -S /bin/sh
#$ -cwd
BASE="file1"
fastq="file2"
fasta="$file3"
medaka="/home/username/local/medaka/bin/…"
OUT="path"
cd /home/username/local
. medaka/bin/activate
${medaka} -i ${fastq} -d ${fasta} -o ${OUT}
＜エラーに関して＞
標準出力で、
checking program versions
This is medaka 1.2.5
となって、仮想環境がアクティベートされたであろうことはわかるのですが、すぐにシェルスクリプトがおわって、特にエラーも出ない一方で、何もアウトプットのファイルがでてこない・・・
という状況です。
仮想環境の使い方がよくわかっていないのでこうなっているのかもしれないとおもうのですがどなたかどうすればいいか教えていただけないでしょうか?
fastaはとくに問題ないとおもうのですが、どのようなところが気になられたのでしょうか?
仮想環境を有効にした状態で、コマンドラインに手入力で medaka というプログラムのコマンドを入力して実行したときは、ちゃんと想定した結果が得られているかどうかを知りたいです。
質問内容とは直接関係ないですが、スクリプトの内容を書くときは開始前の行と終了後の行を「```」で囲まないと見づらいです。例えば
```
#!/bin/bash
echo "Hello"
```
みたいな感じで、書き直した方がいいかと思います。
質問内容に関していうと、スクリプトの内容が正しいかどうか、一度スクリプトではなくシェル上で手作業でコマンド入力して確かめてみるといいかと思います。
実行したいコマンドは medaka_consensus でしょうか？
pip install medaka する場合は、samtools, minimap2, tabix, bgzip を別途入れる必要があるようですが、入れてますか？
試しに動かしてみようと思ったのですが、fastq と fasta に何を指定したらいいか分かりません。どこかにサンプルとか転がってませんでしょうか？
＞msiz07さん
ありがとうございます。たしかに、スクリプトが見にくいのだとおもいます。改善します。
シェル上で、medakaのあるディレクトリで、
. /medaka/bin/activate
とすると、アクティベートはされました。
それで
コマンド入力をしてみたのですが、
入力してから動かなくなったので、多分動いたのだと思います。でも、ターミナルだと接続がきれる可能性もあるし(凄い時間やメモリを使うので)、シェルスクリプトで実行できないかと考えています。
>hitoshi-takanoriさん
medaka_consensusを使おうと思っています。
仮想環境で・・・samtools、minimap2等をいれるということでしょうか?仮想環境の使い方が現時点りかいできていなくて・・・
fasta、fastq適当なもの少し探してみます
fasta に $file3 という「変数」を設定してますが、それ以前にそれを設定しているところがないので気になりました。まあ、その上のふたつが適当なのを設定してるっぽいので転記の途中でそうなったんスかね。たぶん実際のスクリプトではちゃんと設定されているのでしょう。 :-)
>takasima20さん
転記ミスです。元のスクリプトだと絶対パスで書いていたので、シンプルに書き直そうとしてか書き間違えました。すみません。
miniconda, biocondaを導入して、
https://github.com/nanoporetech/medaka
の下記コマンドでmedakaをインストールして
conda create -n medaka -c conda-forge -c bioconda medaka
それで、前処理の部分で、
eval "$(~/miniconda3/bin/・・・)"
conda activate medaka
としてから、下記処理をしたら動き始めました。
${medaka} -i ${fastq} -d ${fasta} -o ${OUT}
ひとまず本件は解決なのではないかとおもっています。
皆様ありがとうございます。
Linux他諸々まだまだわからないところが沢山なので、勉強していきます。
回答1件
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自己解決
miniconda, biocondaを導入して、
https://github.com/nanoporetech/medaka
の下記コマンドでmedakaをインストールして
conda create -n medaka -c conda-forge -c bioconda medaka
それで、前処理の部分で、
eval "$(~/miniconda3/bin/・・・)"
conda activate medaka
としてから、下記処理をしたら動き始めました。
${medaka} -i ${fastq} -d ${fasta} -o ${OUT}
投稿2021/03/19 22:35
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