Github 他のプロジェクトのファイルを入れる

Question

前提・実現したいこと

既にGithubにあげているリポジトリに別階層のディレクトリを入れたいと考えています。

現状

自分のホームディレクトリはaaaというディレクトリとbbbというディレクトリがあります。
Githubにaaaというディレクトリをリポジトリを既にあげている状態です。

aaaというディレクトリのリポジトリのmasterブランチ宛にプルリクを作成してbbbというディレクトリ(ソースコードが入っている)を取り入れてマージしたいと考えています。
その際の取り入れ方として正しい方法がわからない状態です。

試したこと

・aaaのmasterブランチからbbbブランチを作成
・bbbブランチ階層でbbbディレクトリをそのままペーストするとファイルが上書きされる。
・実際のディレクトリはブランチ関係なく、上書きされてフォルダの管理が困難になる。
・このままマージせずに行く場合、どうすれば良いのかわからない。

この場合、どういった手段が有効でしょうか？

Comments

[yamap55]

全然状況がわからないのですが、aaaとbbbは別リポジトリという事であっていますか？
aaaとbbbというリポジトリがあって、aaaのリポジトリにbbbリポジトリを含めたい。という事でしょうか？

OS上のPATH（ディレクトリ）とGitのブランチ、Gitのリポジトリを別に書いて欲しいです。