javaを使った動的webサイトの作成について

「DBとjavaを接続するという行為」「javaとwebサーバーを接続するという行為」
それぞれでソースを書いているのだと思うのですが、
それ１つ１つが何をしているかがわからない、ということでしょうか？
それとも、概念的なものが分からない、ということでしょうか？？

実際のソースを載せたり、サイトを引用してみたりして、
ココがわからない！とした方が意図した回答を得られるのではないでしょうか。

ヒントになれば、、、という程度の投稿ですが、、、
ざっくりとした階層構造が以下の通りとなります。

・データベース（データの保存先）
↑↓
・Java(動的ページ生成プログラムなど）
↑↓
・WEBサーバ(ブラウザへのデータ提供係）
↑↓ HTTPとか、HTTPSで、HTMLを使って通信
・インターネット
↑↓
・ブラウザ（WEBサーバから受信したデータを表示する）

逆に追っていくと、
・ユーザさんが、ブラウザでURLを入力
↓
・入力されたURLのサーバにデータを要求
↓ HTTP
・WEBサーバが受信
↓
・JAVAに引き渡し、データ生成を開始
↓
・DBに引き渡しデータを取得
↓
・JAVAがDBから取得したデータで、データを生成
↓
・WEBサーバが、JAVAが生成したデータをブラウザに返却
↓
・無事にブラウザで要求したデータ（動的ページ）が表意される

とこんな感じです。
HTTPとか、GETとか、そのあたりの仕組みがわかると、理解がすすむかと。

JavaでDBに接続する場合、次のようなコードを書くと思います。

Connection con = DriverManager.getConnection(DBサーバーのURL, ユーザーネーム, パスワード);

どこがどのように理解できないのか質問からは読み取れませんが、恐らく「データベースをファイルのようなもの」とおもっているのではないでしょうか？
（DBに接続するときにURLやユーザーネーム、パスワードが必要になる理由がわからないのかなぁと推測します。）

DBサーバーは「サーバー」です。あなたがWebページを見るためにWebサーバーへアクセスするように、DBサーバーもサーバーなので同じ要領でアクセスします。

DBサーバーを家と考えると、あなたはまずDBサーバーの住所（URL）へ糸電話を持って行きます。
このときDBサーバーはあなたが誰かということをユーザーネームとパスワードで認証します。
認証が終わるとDBサーバーは糸電話を受理します。
ここであなたとDBサーバーが糸電話によってつながりました。（コネクションができた）

今後、DBに対する指示はこの糸電話（コネクション）を通してDBサーバーに伝えます。