pip install markdownでエラー

Question

###前提
evervimを使用するために，pythonのmarkdownパッケージをインストールしようとしています．

pip install markdown

を実行した結果，エラーが発生し，インストール出来ません．
環境は以下のとおりです．

• El Captan(OS X 10.11.4)
• python2.7
• pip 1.5.6

以下にpip.logの内容を示します．
（10000字の制約があるので途中省略しています．）

ネットで調べてみたのですが，どういうエラーかわからず，自力で解決できませんでした．
どのようにすればよろしいでしょうか？
アドバイスのほど，よろしくお願いいたします．

------------------------------------------------------------
/usr/local/bin/pip run on Thu Apr 14 00:05:41 2016
Downloading/unpacking markdown
  Getting page https://pypi.python.org/simple/markdown/
  URLs to search for versions for markdown:
  * https://pypi.python.org/simple/markdown/
  Analyzing links from page https://pypi.python.org/simple/markdown/
    Skipping link https://pypi.python.org/packages/any/M/Markdown/Markdown-2.0.1.win32.exe#md5

---------------------中略---------------------


    Converting docs/extensions/wikilinks.txt -> build/docs/extensions/wikilinks.html
    running install_lib
    copying build/lib/markdown/__init__.py -> /lib/python2.7/site-packages/markdown
    error: could not delete '/lib/python2.7/site-packages/markdown/__init__.py': Permission denied
    Complete output from command /usr/local/opt/python/bin/python2.7 -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/kw/s2s66jl17l7634cyv1r17spm0000gn/T/pip_build_mk_mkee/markdown/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/kw/s2s66jl17l7634cyv1r17spm0000gn/T/pip-v_8a_Y-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
    running install

running build

running build_py

creating build

creating build/lib

creating build/lib/markdown

copying markdown/__init__.py -> build/lib/markdown

copying markdown/__main__.py -> build/lib/markdown

copying markdown/__version__.py -> build/lib/markdown

copying markdown/blockparser.py -> build/lib/markdown

copying markdown/blockprocessors.py -> build/lib/markdown

copying markdown/inlinepatterns.py -> build/lib/markdown

copying markdown/odict.py -> build/lib/markdown

copying markdown/postprocessors.py -> build/lib/markdown

copying markdown/preprocessors.py -> build/lib/markdown

copying markdown/serializers.py -> build/lib/markdown

copying markdown/treeprocessors.py -> build/lib/markdown

copying markdown/util.py -> build/lib/markdown

creating build/lib/markdown/extensions

---------------------中略---------------------

Converting docs/extensions/wikilinks.txt -> build/docs/extensions/wikilinks.html

running install_lib

copying build/lib/markdown/__init__.py -> /lib/python2.7/site-packages/markdown

error: could not delete '/lib/python2.7/site-packages/markdown/__init__.py': Permission denied

----------------------------------------
Cleaning up...
  Removing temporary dir /private/var/folders/kw/s2s66jl17l7634cyv1r17spm0000gn/T/pip_build_mk_mkee...
Command /usr/local/opt/python/bin/python2.7 -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/kw/s2s66jl17l7634cyv1r17spm0000gn/T/pip_build_mk_mkee/markdown/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/kw/s2s66jl17l7634cyv1r17spm0000gn/T/pip-v_8a_Y-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile failed with error code 1 in /private/var/folders/kw/s2s66jl17l7634cyv1r17spm0000gn/T/pip_build_mk_mkee/markdown
Exception information:
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/Cellar/python/2.7.9/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/pip-1.5.6-py2.7.egg/pip/basecommand.py", line 122, in main
    status = self.run(options, args)
  File "/usr/local/Cellar/python/2.7.9/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/pip-1.5.6-py2.7.egg/pip/commands/install.py", line 283, in run
    requirement_set.install(install_options, global_options, root=options.root_path)
  File "/usr/local/Cellar/python/2.7.9/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/pip-1.5.6-py2.7.egg/pip/req.py", line 1435, in install
    requirement.install(install_options, global_options, *args, **kwargs)
  File "/usr/local/Cellar/python/2.7.9/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/pip-1.5.6-py2.7.egg/pip/req.py", line 706, in install
    cwd=self.source_dir, filter_stdout=self._filter_install, show_stdout=False)
  File "/usr/local/Cellar/python/2.7.9/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/pip-1.5.6-py2.7.egg/pip/util.py", line 697, in call_subprocess
    % (command_desc, proc.returncode, cwd))
InstallationError: Command /usr/local/opt/python/bin/python2.7 -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/kw/s2s66jl17l7634cyv1r17spm0000gn/T/pip_build_mk_mkee/markdown/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/kw/s2s66jl17l7634cyv1r17spm0000gn/T/pip-v_8a_Y-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile failed with error code 1 in /private/var/folders/kw/s2s66jl17l7634cyv1r17spm0000gn/T/pip_build_mk_mkee/markdown

##2016/04/14追記内容
pipのアップデートを試したところ，エラーが発生したため，
brewでpythonを再インストールしました．
その結果，

• python: ver2.7.11
• pip: ver8.0.2

がインストールされました．

ですが，再インストール後も
pipのアップデートやmarkdownパッケージのインストールでPermissionのエラーが出てしまいます．

% pip install --upgrade pip
IOError: [Errno 13] Permission denied: '/lib/python2.7/site-packages/pip/__init__.py'

% pip install markdown
IOError: [Errno 13] Permission denied: '/lib/python2.7/site-packages/markdown/__init__.py'

試しに，

sudo pip install --upgrade pip

を実行したところ，インストールは完了しましたが，pipコマンドを実行するたびに

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/pip", line 5, in <module>
    from pkg_resources import load_entry_point
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3130, in <module>
    @_call_aside
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3116, in _call_aside
    f(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3143, in _initialize_master_working_set
    working_set = WorkingSet._build_master()
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 642, in _build_master
    ws.require(__requires__)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 943, in require
    needed = self.resolve(parse_requirements(requirements))
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 830, in resolve
    raise DistributionNotFound(req, requirers)
pkg_resources.DistributionNotFound: The 'pip==8.0.2' distribution was not found and is required by the application

というエラーが出てpipコマンドが使用できなくなってしまいました．
再びpipをpythonごと再インストールし，--userオプションでmarkdownをインストールするしか無いのでしょうか？

##2016/04/20追記
指示されたコマンドを実行した結果，以下のようになりました．

% ls -la /usr/local/lib/python2.7/ | grep -i site-
drwxr-xr-x   19 mk_mkee  admin    646 Apr 14 21:24 site-packages

特に/usr/local/lib/python2.7/以下の権限は触っておらず，ログインユーザにも権限があると思うのですが，
この状態でpip installを実行しても，Permissionエラーとなります．．．

% pip install markdown
OSError: [Errno 13] Permission denied: '/lib/python2.7/site-packages/markdown'

Answer 1

すでにpipのアップデートについて他の方が言及されていますが、おそらくsetuptoolsも古くなっていると思うので更新した方がいいと思います。

pip install -U setuptools pip

これでmarkdownのinstallを試してみてください。

pip install -U markdown

ただ、なんとなくパーミッション関係も絡んでいそうなので、これでもインストールできないようでしたらsudoをつけるか--userオプションをつける必要がある気がします。

Answer 2

まずpipが異常に古いので,

pip install -U pip

でpipをupdateしてください。次に

pip list | grep -i markdown

でMarkdowmがインストールされていないことを確認してください。もしここでされている場合は,
pip uninstall markdownでmark downをuninstallしてください。
存在しなければ

# rm  -fr /lib/python2.7/site-packages/markdown/ \
           /lib/python2.7/site-packages/Markdown/

でmarkdown関連のディレクトリを削除します。その後
pip install markdown
でインストールをやり直します。
これでも同じバグをでてしまう場合は,pythonのインストールまたは,pipのインストールから失敗している可能性があるのでこれらをどのようにインストールしたか教えていただけたらと思います。

また,

which python
which pip 

の実行結果を教えてください。

site-packagesの権限をログインユーザーに与えて解決してもいいのですが,よく解らないまま権限をいじったりすることはセキュリティリスクや事故の元になる上に根本的な解決にはならないので上記で解決しない場合は,なるべくツールを新しいものにupdate(homebrewなども)して再インストールをオススメします。

それでも治らない場合は無理やり直す方法を提示しますのでご返信お願い致します。

追記

update前のバグとupdate後のバグは別原因で起こっています。
homebrewのupdateを含め,pythonのリインストールをもう一度行ってから次の操作を行うことをお勧めしますが, 以下,確認お願いします。

 ls -la /usr/local/lib/python2.7/ | grep -i site-

このとき,drwxr-x--- 163 user_name group 5542 4 14 01:10 site-packages/
のような出力が得られると思うので,user_nameが自分のmacの[user_name@~-MacBook-Pro]と一致するか確認してください。
もし自分のuser_nameと違う場合は,sudo chown -R 自分のuser_name site-packagesを実行して,
drwxr-x---の２桁目から４桁目がrwxになっていなければ追加で,
sudo chmod u+rwx site-packages
を実行します。その後pipを実行し直してください。

ただしこの方法は,自分一人でPCを使っていることを前提としてます。pcを共有している場合は,別の方法を教えます。

二つ目のバグの根本的な問題はこちらを参考にしてください。

Comments

[mk_mkee]

ご返事ありがとうございます．
質問に追記しました．

ちなみにwhichコマンドの結果は，

/usr/local/bin/python
/usr/local/bin/pip

です．

[退会済みユーザー]

情報追記しました。

[mk_mkee]

お手数おかけします．
情報を追記いたしました．

[退会済みユーザー]

pythonが２種類以上入っていませんか？
which pipと,userのpipのインストール先が違うsite-packageの位置を指しているのがそもそもおかしいです。

修正

ごめんなさい自分の環境で試してみてあんまり効率のよくない方法だったので対処法を変えます。

/usr/local/binでls -l pipを実行して,その出力を教えてください。
もしそこにシンボリックリンクが貼られていて,installしているpythonと違うpipが指し示されていたらシンボリックリンクを貼り変える方法を追加で書きます。
もしシンボリックリンクではなくpip本体だった場合はインストール先を変えます。
http://qiita.com/rch850/items/5c1b3f858097a5b60c13
を参考に/usr/local/binを指定してみてください。これでも解決しない場合は,またご返信お願いいたします。

[mk_mkee]

/usr/local/bin以下のpipとpythonのシンボリックリンクは下のとおりです．

pip -> ../Cellar/python/2.7.11/bin/pip
python -> ../Cellar/python/2.7.11/bin/python

pythonは元々macに入っていた/usr/bin/pythonと，homebrewでインストールした
/usr/local/bin/pythonがあります．

pip install実行後に，何故か元々のmacのpythonのsite-packageを参照している気がするのですが，対処方法がわからない状態です．

[退会済みユーザー]

/usr/local/binで
ls -al | grep -i pip
を実行して,得られるpipの中身をgedit pipなどで開いてshebanが
#!/usr/local/opt/python/bin/python2.7
になっているか確認してください。なっていなければ,上に直してください。
合っていれば,pip,pip2,pip2.7などがあればそちらでpip installを試してみてください。

homebrewでのインストール手順が正しかったか。また,正しくインストールしたのに治らない場合は,homebrew以外のインストール方法も試してみてください。

http://qiita.com/ms-rock/items/6e4498a5963f3d9c4a67

また,pythonの開発環境を用意するだけであればpyenvを使うことをお勧めします。

http://qiita.com/Kodaira_/items/feadfef9add468e3a85b

環境を無理やり直すことも出来るのですが,次にインストールする際に自分で環境を直さなければいけなくなる上に壊れている原因と考えられることが多数ありそれを特定する作業を指示させていただくだけでも結構骨が折れるので,pyenvで管理するのがお勧めです。