[C言語] 2次元配列に一文字ずつ格納する方法

前提・実現したいこと

お世話になります。またしても初歩的な内容で申し訳ないのですが、現在勉強のため、入力を平面として捉え、「0」「1」に変換して位置関係を保持したまま出力する、というプログラムを作っています。

例えば、
入力が下記のような場合（先頭でマス目の数を、縦 横 の順に入力しています）、

10 12
**.......**.
.***.....***
....**...**.
.........**.
.........*..
..*......*..
.*.*.....**.
*.*.*.....*.
.*.*......*.
..*.......*.

出力結果が以下の様になります。（見づらくてすみません。。）

110000000110
011100000111
000011000110
000000000110
000000000100
001000000100
010100000110
101010000010
010100000010
001000000010

2次元配列（インデックスが座標）に一文字ずつ格納して、後で順番に出力する、という方式で記述したのですが、うまくいきません…。

色々試したところ、最終的に望んだ結果が得られるプログラムを記述することはできました。

しかし、いまだになぜ、最初の記述の仕方で実現できなかったのか、がわかりません。
ご教授よろしくお願いします。

発生している問題

以下が問題のソースコードになります。
縦×横の回数ループを繰り返し、指定子「%c」によって一文字ずつ読み込み変数inputへ格納後、内容を評価し、01変換を行っています。
しかし、結果がなぜが一行ごとに右へずれていってしまいます。

途中にprintfを挟み確認をしてみたのですが、各行最初の一文字が読み込まれていない？ようで、しかし、ループのカウンターにもミスはないように思え、さらに終端文字も特にこの場合関係なさそうで、原因がわかりません。
よろしくお願いします。

当初のソースコード [正常に動作せず]

#include<stdio.h>
#define MAX 100

int p[MAX][MAX];    /*2次元配列,最初のインデックスが行,二つ目のインデックスがその行の何番目か*/
int N;                /*全体の高さ*/
int M;                /*全体横幅*/
char input;            /*入力文字,一文字のつもり*/

int main(void){
    int i,j;
    scanf("%d %d",&N,&M);        /*全体の縦横の長さを取得*/

    /*縦N行分繰り返し*/
    for(i=0;i<N;i++){
        /*M文字分読み取り繰り返し*/
        for(j=0;j<M;j++){
            scanf("%c",&input);    /*指定子を「%c」にして一文字ずつ読み取る*/
            if(input=='*'){        /*塗りつぶし'*'だったら数値  1  を格納*/
                p[i][j]=1;
            }
        }
    }

    /*2次元配列を視覚的にプロット*/
    for(i=0;i<N;i++){
        for(j=0;j<M;j++){
            printf("%d",p[i][j]);
            fflush(0);
        }
        puts("");
    }

    return 0;
}

↓入力↓

10 12
**.......**.
.***.....***
....**...**.
.........**.
.........*..
..*......*..
.*.*.....**.
*.*.*.....*.
.*.*......*.
..*.......*.

↓実行結果↓

011000000011
000111000001
110000011000
110000000000
011000000000
001000001000
000100001010
000011001010
100000100010
100000010000

正常に動作するソースコード

読み込みを一行ごとにして、配列に格納後、インデックスをずらすことによって一文字ずつ評価したところ、望んだ結果が得られました。

#include<stdio.h>
#define MAX 100

int p[MAX][MAX];    /*2次元配列,最初のインデックスが行,二つ目のインデックスがその行の何番目か*/
int N;                /*全体の高さ*/
int M;                /*全体横幅*/
char input[MAX];    /*入力1行分*/

int main(void){
    int i,j;

    scanf("%d %d",&N,&M);        /*全体の縦横の長さを取得*/

    /*縦のN行分繰り返し*/
    for(i=0;i<N;i++){
            scanf("%s",&input);    /*一行分をまるまる取得して配列inputへ*/

            /*得られた文字列を格納した配列を先頭から順番に一文ずつ内容を評価*/
            for(j=0;j<M;j++){
                if(input[j]=='*')p[i][j]=1;    /*塗りつぶし'*'だったら数値  1  を格納*/
            }
    }

    /*2次元配列を視覚的にプロット*/
    for(i=0;i<N;i++){
            for(j=0;j<M;j++){
                printf("%d",p[i][j]);
            }
            puts("");
    }

    return 0;
}

↓出力結果(入力は同じ)↓

110000000110
011100000111
000011000110
000000000110
000000000100
001000000100
010100000110
101010000010
010100000010
001000000010

補足情報

MinGW
Eclipse Cpp Mars
Windows 10