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Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

Q&A

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pyclusterringでシルエット値を求めるコードを教えて頂きたいです。

teruterubozu

総合スコア5

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2020/12/16 05:15

前提・実現したいこと

Pythonでx-means法を実装して、クラスタリングの評価値としてシルエット値を用いようと考えています。
pyclusteringを用いてirisデータセットのクラスタリングを行いました。
しかし、sklearnのシルエット値を求めるコードしか調べても見つからずどう対応していいのか分からないため教えて頂きたいです。

発生している問題・エラーメッセージ

AttributeError Traceback (most recent call last) <ipython-input-83-352b815f32be> in <module> 1 # シルエット値の計算 2 from sklearn.metrics import silhouette_samples ----> 3 result = xm.fit_predict(X) 4 silhouette_vals = silhouette_samples(X,result,metric = 'euclidean') 5 silhouette_avg = np.mean(silhouette_vals) AttributeError: 'xmeans' object has no attribute 'fit_predict'

該当のソースコード

Python

1import pyclustering 2from pyclustering.cluster import xmeans 3import numpy as np 4import matplotlib 5import matplotlib.pyplot as plt 6from sklearn import datasets, preprocessing 7# datasetの読み込み 8iris_data = datasets.load_iris() 9# DataFrameに変換 10df = pd.DataFrame(iris_data.data, columns=iris_data.feature_names) 11print(df.head()) 12X=df[["sepal length (cm)","petal width (cm)"]] # yラベル , xラベル 13X.shape 14 15initializer = pyclustering.cluster.xmeans.kmeans_plusplus_initializer(data=X, amount_centers=2) 16initial_centers = initializer.initialize() 17xm = xmeans.xmeans(data=X, initial_centers=initial_centers) 18xm.process() 19clusters = xm.get_clusters() 20pyclustering.utils.draw_clusters(data=X.values, clusters=clusters) 21 22# シルエット値の計算 23from sklearn.metrics import silhouette_samples 24result = xm.fit_predict(X) 25silhouette_vals = silhouette_samples(X,result,metric = 'euclidean') 26silhouette_avg = np.mean(silhouette_vals) 27print(silhouette_avg)

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補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

Python バージョン3.7.4

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teruterubozu

2020/12/16 08:44

ありがとうございます! リンク開いたのですが、Didn’t find anything here!って表示されてます。 ログインとかってしなきゃ見れないんですかね?
jbpb0

2020/12/16 08:52

ここは見れますか? https://github.com/annoviko/pyclustering 見れるなら、そこの右の方にある「code」っていう緑のボタンから、丸ごとzipで落とせるので、落として解凍したら、その中を pyclustering/cluster/examples/ と開けてくとあります
jbpb0

2020/12/16 09:03

https://pypi.org/project/pyclustering/#files から ...tar.gz を落として解凍したら、その中にも入ってました ということは、pipで入ったところの中に入ってるかも pythonのパッケージが入ってるところ(たぶんsite-packagesという名前のフォルダ)にpyclusteringで始まるフォルダ名のフォルダがあったら、その中を探してみてください (githubからうまく落とせなかったら)
teruterubozu

2020/12/16 10:43

githubから落とせました! チャレンジしてみます!
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