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Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

pandas

Pandasは、PythonでRにおけるデータフレームに似た型を持たせることができるライブラリです。 行列計算の負担が大幅に軽減されるため、Rで行っていた集計作業をPythonでも比較的簡単に行えます。 データ構造を変更したりデータ分析したりするときにも便利です。

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python pyenvでのpandasのinstallおよびimportの解消 export LDFLAGS

pokeharry

総合スコア27

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

pandas

Pandasは、PythonでRにおけるデータフレームに似た型を持たせることができるライブラリです。 行列計算の負担が大幅に軽減されるため、Rで行っていた集計作業をPythonでも比較的簡単に行えます。 データ構造を変更したりデータ分析したりするときにも便利です。

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投稿2020/11/24 15:36

前提・実現したいこと

python 3.8.6
Mac Big Sur

pyenvでpython 3.8.6をインストールする際に、
zlibのエラーが出るため、
% brew install zlib
% export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/zlib/lib"
% export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/zlib/include"
をしたら、インストールが可能となった。

しかし、次にpandasをimportする際に、
ImportError: No module named '_bz2'
のエラーが発生する。

これを解消する方法が、
export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/bzip2/lib"
export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/bzip2/include"

として、pyenvからpythonを再インストールすることらしいが、

zlibと、bzip2において、
両方の
export LDFLAGS、 export CPPFLAGS
を同時にする方法はないのでしょうか。

よろしくお願いいたします。

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quickquip

2020/11/29 15:05

CPUはApple Siliconじゃないですよね? 念のため。
quickquip

2020/11/29 15:06

あと Command Line Tools はなにをインストールしてますか?
pokeharry

2020/11/29 15:08

ありがとうございます。 Apple Siliconではありません。 コマンドラインツールは、xcode12.3です!
pokeharry

2020/11/29 15:14

回答ありがとうございます。 追記の分について試してみたのですが、未だに WARNING: The Python bz2 extension was not compiled. Missing the bzip2 lib? が生じてしまいます。
guest

回答1

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ベストアンサー

-L -Iオプションを複数並べます。

plain

1% export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/zlib/lib -L/usr/local/opt/bzip2/lib" 2% export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/zlib/include -I/usr/local/opt/bzip2/include"

こうですね。


Homebrew で zlib readline bzip2 をインストールした上で

plain

1CPPFLAGS="-I$(brew --prefix openssl)/include -I$(brew --prefix bzip2)/include -I$(brew --prefix readline)/include -I$(brew --prefix zlib)/include" LDFLAGS="-L$(brew --prefix openssl)/lib -L$(brew --prefix readline)/lib -L$(brew --prefix zlib)/lib -L$(brew --prefix bzip2)/lib" pyenv install 3.8.6

でどうですか? (特に export する必然はないかと思いますが)


sh

1ls -l /usr/local/opt/bzip2

すると
本来なら /usr/local/opt/bzip2 -> ../Cellar/bzip2/1.0.8/ と表示されて、 /usr/local/Cellar/bzip2/1.0.8/ のシンボリックリンクであることが確認できるはずですが、そうなってないとか、brew 由来じゃない bzip2 がそこにあるとかではないでしょうか。

plain

1brew uninstall --force --ignore-dependencies bzip2 2brew cleanup -s bzip2 3brew cleanup --prune-prefix 4rm -Rf /usr/local/Cellar/bzip2 /usr/local/opt/bzip2 5brew install bzip2

とかでしょうか。

投稿2020/11/25 00:35

編集2020/11/30 11:00
quickquip

総合スコア11029

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pokeharry

2020/11/29 14:59

ありがとうございます。 ~/.zshrcファイルに書いて やってみたのですが、未だに以下の警告が病みません。 WARNING: The Python bz2 extension was not compiled. Missing the bzip2 lib? もし、他に解決案があれば教えていただきたいです。
quickquip

2020/11/29 15:12

私の環境の Command Line Tools は 12.2 です。(一応)
quickquip

2020/11/29 15:34

(pyenvをHomebrewでインストールしたなら依存関係で入ったはずなのですが一応) brew --prefix bzip2 を実行すると /usr/local/opt/bzip2 が表示されますか? ls /usr/local/opt/bzip2/{lib,include} すると bzlib.h と libbz2.a がありますか?
pokeharry

2020/11/30 08:46

ls /usr/local/opt/bzip2/{lib,include} とすると ls: /usr/local/opt/bzip2/include: No such file or directory /usr/local/opt/bzip2/lib: と帰ってきました。 brew --prefix bzip2 を実行すると /usr/local/opt/bzip2 でした。
quickquip

2020/11/30 09:03

ヘッダファイルがないようです。 brew reinstall bzip2 してみてファイルが置かれないでしょうか?
pokeharry

2020/11/30 10:16

brew reinstall bzip2 と Warning: You are using macOS 11.0. We do not provide support for this released but not yet supported version. You will encounter build failures with some formulae. Please create pull requests instead of asking for help on Homebrew's GitHub, Twitter or any other official channels. You are responsible for resolving any issues you experience while you are running this released but not yet supported version. Error: /usr/local/opt/bzip2 is not a valid keg となりました。 macOS11の場合でもインストールできる方法はあるのでしょうか?
pokeharry

2020/11/30 11:45

ありがとうございます。 追記の分についてやってみたらできました!
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