GitHubのPullRequestに謎の差分が表示される

Question

前提・実現したいこと

GitHubにて特定の条件を満たしてPullRequestを作成すると、存在しないはずの差分が表示されます。
git diffでは差分がないにもかかわらず、です。
どうしてこのような差分が表示されるのか、どなたか解説をいただけないでしょうか。

再現条件

1. 新規リポジトリにmasterブランチとして最初のcommit, pushを行う
2. masterからbranch1,branch2を作成
3. branch1に修正を加え、commit, push
4. branch1の修正をbranch2にマージ
5. masterに修正を加え、commit, push
6. masterの修正をbranch1, branch2にマージ
7. branch1からbranch2へのPull Requestを作成

この時、GitHub上のPullRequestには手順3の修正が差分として表示されてしまうのです。
手順４でマージ済みで、Pull Request作成時はbranch1とbranch2に差分はありません。

上記操作を行い、再現させた状態のリポジトリも用意してみました。
https://github.com/jkneko/MysteriousDifferences

謎の差分が表示されるPullRequest。
https://github.com/jkneko/MysteriousDifferences/pull/1

行った操作

git clone [e-mail]:jkneko/MysteriousDifferences
cd MysteriousDifferences

# Masterのイニシャルコミットを作る
for a in {1..10}
do
	echo $a
done > README.txt

git add README.txt
git commit -am init
git push origin master

# Masterからブランチ1,2を作る
git checkout -b branch1
git push origin branch1
git checkout master
git checkout -b branch2
git push origin branch2

# ブランチ１に修正を入れる
git checkout branch1
gsed -i 's/3/333/' README.txt
git commit -am 'cahnge to 333 from 3'
git push origin branch1

# ブランチ１の修正をブランチ２に反映
git checkout branch2
git pull origin branch1
git push origin branch2

# Masterに修正を入れる
git checkout master
gsed -i 's/5/555/' README.txt
git commit -am 'cahnge to 555 from 5'
git push origin master

# masterの修正をブランチ1,2にマージ
git checkout branch1
git pull origin master
git push origin branch1

git checkout branch2
git pull origin master
git push origin branch2

# ・ブランチ1をブランチ2にマージ というPRを作る
# すると謎の差分が表示される

Git feature flowという取り回し方法で運用していると、このパターンが多く発生し困っておりまして。
どなたかアドバイスをいただけますと幸いです。