質問をすることでしか得られない、回答やアドバイスがある。

15分調べてもわからないことは、質問しよう!

ただいまの
回答率

88.34%

python HDF5 保存したデータに追記する方法(mode='a'の使い方)

解決済

回答 2

投稿

  • 評価
  • クリップ 0
  • VIEW 232

Flan.

score 36

HDF5で作ったデータセットに追記したいです
参考
https://qiita.com/simonritchie/items/23db8b4cb5c590924d95

ファイルの書き込みと読み込みまではできたのですが
参考にはmode='a'について書かれておらず
すでに作ったファイルに追記する方法がわからず困っています

h5py.Fileのmode=aの正しい使い方を知ってる人教えてください
試したこと

import numpy as np
import h5py
import time
arr=np.random.rand(10,10)
with h5py.File('replay_deta/sample.hdf5', mode='a') as f:
    group = f.create_dataset(name='/appele',data=arr)
print(arr)
---------------------------------------------------------------------------
OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-6156a71486b0> in <module>
      5 arr=np.random.rand(10,10)
      6 with h5py.File('replay_deta/sample.hdf5', mode='a') as f:
----> 7     group = f.create_dataset(name='/appele',data=arr)
      8 print(arr)

~\Anaconda3\envs\pyflan\lib\site-packages\h5py\_hl\group.py in create_dataset(self, name, shape, dtype, data, **kwds)
    137             dset = dataset.Dataset(dsid)
    138             if name is not None:
--> 139                 self[name] = dset
    140             return dset
    141 

~\Anaconda3\envs\pyflan\lib\site-packages\h5py\_hl\group.py in __setitem__(self, name, obj)
    371 
    372             if isinstance(obj, HLObject):
--> 373                 h5o.link(obj.id, self.id, name, lcpl=lcpl, lapl=self._lapl)
    374 
    375             elif isinstance(obj, SoftLink):

h5py\_objects.pyx in h5py._objects.with_phil.wrapper()

h5py\_objects.pyx in h5py._objects.with_phil.wrapper()

h5py\h5o.pyx in h5py.h5o.link()

OSError: Unable to create link (name already exists)
  • 気になる質問をクリップする

    クリップした質問は、後からいつでもマイページで確認できます。

    またクリップした質問に回答があった際、通知やメールを受け取ることができます。

    クリップを取り消します

  • 良い質問の評価を上げる

    以下のような質問は評価を上げましょう

    • 質問内容が明確
    • 自分も答えを知りたい
    • 質問者以外のユーザにも役立つ

    評価が高い質問は、TOPページの「注目」タブのフィードに表示されやすくなります。

    質問の評価を上げたことを取り消します

  • 評価を下げられる数の上限に達しました

    評価を下げることができません

    • 1日5回まで評価を下げられます
    • 1日に1ユーザに対して2回まで評価を下げられます

    質問の評価を下げる

    teratailでは下記のような質問を「具体的に困っていることがない質問」、「サイトポリシーに違反する質問」と定義し、推奨していません。

    • プログラミングに関係のない質問
    • やってほしいことだけを記載した丸投げの質問
    • 問題・課題が含まれていない質問
    • 意図的に内容が抹消された質問
    • 過去に投稿した質問と同じ内容の質問
    • 広告と受け取られるような投稿

    評価が下がると、TOPページの「アクティブ」「注目」タブのフィードに表示されにくくなります。

    質問の評価を下げたことを取り消します

    この機能は開放されていません

    評価を下げる条件を満たしてません

    評価を下げる理由を選択してください

    詳細な説明はこちら

    上記に当てはまらず、質問内容が明確になっていない質問には「情報の追加・修正依頼」機能からコメントをしてください。

    質問の評価を下げる機能の利用条件

    この機能を利用するためには、以下の事項を行う必要があります。

回答 2

checkベストアンサー

0

すでに存在するdatasetと同じ名前で再度datasetを作ろうとしてエラーになっているようです。
別の名前にすれば解決すると思います。

同じ名前のデータセットで値を更新したい場合は下記のようにします。
...(Ellipsis)を使っている例をよく見ますが、空のスライスでも動きます。

import numpy as np
import h5py

arr = np.random.rand(10, 10)
with h5py.File('replay_deta/sample.hdf5', mode='a') as f:
    dataset = f['appele']
    dataset[...] = arr   # dataset[:] = arr でもOK

既存のものを削除してから再作成でもできます。
確認したことはないですが、なんとなく効率が悪そうな気がします。
型やサイズが変わる場合は上の方法ではできないので、こちらのやり方になります。

import numpy as np
import h5py

arr = np.random.rand(10, 10)
with h5py.File('replay_deta/sample.hdf5', mode='a') as f:
    del f['appele']
    group = f.create_dataset(name='/appele', data=arr)

投稿

  • 回答の評価を上げる

    以下のような回答は評価を上げましょう

    • 正しい回答
    • わかりやすい回答
    • ためになる回答

    評価が高い回答ほどページの上位に表示されます。

  • 回答の評価を下げる

    下記のような回答は推奨されていません。

    • 間違っている回答
    • 質問の回答になっていない投稿
    • スパムや攻撃的な表現を用いた投稿

    評価を下げる際はその理由を明確に伝え、適切な回答に修正してもらいましょう。

0

h5py.Fileのmode='a'は、
[読み込み、書き込み]モードのことで、
追記する機能ではありません

h5pyのドキュメント

追記は、以下手順でできます

  1. mode='a'で読み込んでデータを取得し、
  2. 取得したデータに追記し、
  3. ファイル内のDBを削除し、
  4. 追記したデータを記載する
import numpy as np
import h5py
import time
arr=np.random.rand(10,10)
with h5py.File('sample.hdf5', mode='a') as f:
    #1
    arr2 = f["appele"].value
    #2
    arr3 = np.concatenate([arr2,arr])
    #3
    del f["appele"]
    #4
    group = f.create_dataset(name='/appele',data=arr3)
print(arr)

投稿

  • 回答の評価を上げる

    以下のような回答は評価を上げましょう

    • 正しい回答
    • わかりやすい回答
    • ためになる回答

    評価が高い回答ほどページの上位に表示されます。

  • 回答の評価を下げる

    下記のような回答は推奨されていません。

    • 間違っている回答
    • 質問の回答になっていない投稿
    • スパムや攻撃的な表現を用いた投稿

    評価を下げる際はその理由を明確に伝え、適切な回答に修正してもらいましょう。

15分調べてもわからないことは、teratailで質問しよう!

  • ただいまの回答率 88.34%
  • 質問をまとめることで、思考を整理して素早く解決
  • テンプレート機能で、簡単に質問をまとめられる

関連した質問

同じタグがついた質問を見る