RaspberryPi3bでのPythonを通した音声出力の問題

Question

前提・実現したいこと

RaspberryPi 3 modelBでのオーディオ設定について質問です。
現在、Pythonでmp3やwavなどの音声ファイルを再生するプログラムを作り、実行しようと試みています。

発生している問題

3.5mmジャックに接続しているイヤホンから音が出力されません。
wavの再生にはaplayを使っているのですが、ターミナル上で直接入力した場合はイヤホンから音が正常に出力されます。しかし、subprocessなどpythonのプログラム実行を通して音を出力しようとするとイヤホンから音が出力されなくなります。

#ターミナルで再生したとき（音が出る）
pi@pi206:~/Prog/sound $ aplay sample2.wav
再生中 WAVE 'sample2.wav' : Signed 16 bit Little Endian, レート 44100 Hz, ステレオ

#Pythonを通して再生したとき（音が出ない）
pi@pi206:~/Prog/Pyth $ sudo python aplay.py
再生中 WAVE '/home/pi/Prog/sound/sample2.wav' : Signed 16 bit Little Endian, レート 44100 Hz, ステレオ

試したこと

raspi-configの設定や、amixerの設定、boot内のコンフィグをHDMIから3.5mmジャックへ変更など。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

使用しているイヤホンはApple純正イヤホン。
HDMI接続しているディスプレイにはスピーカーがついてます。