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PythonのnumpyでCSVファイルを読み込みたい。

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S.K12

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前提・実現したいこと

PythonのnumpyでCSVファイルを読み込みたいです。

質問内容的に読み込みたいcsvファイルが見れないと何とも言いにくいと思うので、
そちらも載せておきます。
読み込みたいCSVファイル(Dropbox)

これのD列目17行目、-140~の列を読み込みたいです。

発生している問題・エラーメッセージ

ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-65-862952c81359> in <module>
      3 filepath =f"Desktop\\test.csv"
      4 
----> 5 data = np.loadtxt(filepath,       # 読み込みたいファイルのパス
      6                   delimiter=",",    # ファイルの区切り文字
      7                   skiprows=16,       # 上から16行目までは読み込まない

~\anaconda3\lib\site-packages\numpy\lib\npyio.py in loadtxt(fname, dtype, comments, delimiter, converters, skiprows, usecols, unpack, ndmin, encoding, max_rows)
   1157         # converting the data
   1158         X = None
-> 1159         for x in read_data(_loadtxt_chunksize):
   1160             if X is None:
   1161                 X = np.array(x, dtype)

~\anaconda3\lib\site-packages\numpy\lib\npyio.py in read_data(chunk_size)
   1085 
   1086             # Convert each value according to its column and store
-> 1087             items = [conv(val) for (conv, val) in zip(converters, vals)]
   1088 
   1089             # Then pack it according to the dtype's nesting

~\anaconda3\lib\site-packages\numpy\lib\npyio.py in <listcomp>(.0)
   1085 
   1086             # Convert each value according to its column and store
-> 1087             items = [conv(val) for (conv, val) in zip(converters, vals)]
   1088 
   1089             # Then pack it according to the dtype's nesting

~\anaconda3\lib\site-packages\numpy\lib\npyio.py in floatconv(x)
    792         if '0x' in x:
    793             return float.fromhex(x)
--> 794         return float(x)
    795 
    796     typ = dtype.type

ValueError: could not convert string to float: ''

該当のソースコード

import numpy as np

filepath =f"Desktop\\test.csv"

data = np.loadtxt(filepath,       # 読み込みたいファイルのパス
                  delimiter=",",    # ファイルの区切り文字
                  skiprows=16,       # 上から16行目までは読み込まない
                  usecols=(3) # 3列目を読み込みたい
                 )

print(data)

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

windows 64bit
Anaconda Jupyter Notebook

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回答 2

checkベストアンサー

+1

loadtxtの代わりにgenfromtxtを使ってください。skiprowsの指定がskip_headerに代わるぐらいであとは同じです。

import numpy as np

filepath = "Desktop/test.csv"

data = np.genfromtxt(filepath, skip_header=16, delimiter=",", usecols=(3))

print(data)
[-140. -140. -144. ... -136.   nan  432.]

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  • 2020/10/08 10:14

    上手くいきました。本当に有難う御座います。
    値が欠損しているファイルはgenfromtxtじゃないとエラーが出てしまうのですね。
    本当に助かりました。

    キャンセル

  • 2020/10/08 10:22

    欠損値をどう扱うかを指定するオプション引数もあるので、必要だったらgenromtxtで検索してください。

    キャンセル

  • 2020/10/08 10:29

    有難う御座います。勉強になります。

    キャンセル

+1

numpyではなく、pandasではダメでしょうか?

import pandas as pd

df = pd.read_csv('test.CSV', skiprows=16, usecols=[3])

print(df)

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