SQLAlchemy, 多対多のテーブルデータ関連付け

MySQL, SQLAlchemyで多対多のテーブルの関連付けを行なう場合、外部キー等を用いて、自動的に（？）データ同士が関連付けされる方法があるかと思いますが、以下のコードの様に、外部キー等の自動的に関連付けをせずに、中間テーブルを都度自分で作成し、利用する方法は問題あるでしょうか？　このプログラムによる方法でも実際に動作しますし、テスト段階では不都合を感じません。。
自動的な関連付けは便利な面も多いとは思いますが、「必要」では無い様に思うのですが、以下のコードの考え方では何か不具合が出てくるものでしょうか。また、自動的なrelationの設定による方法と、下記の様な手動での中間テーブルの設定の方法でのメリット、デメリットがあれば教えて下さい。

class Menu(Base):
    __tablename__ = 'menu_table'
    id = Column(Integer,primary_key=True, autoincrement=True)
    menu_name = Column(String(100),nullable=False)

class Zairyou(Base):
    __tablename__ = 'zairyou_table'
    id = Column(Integer,primary_key=True, autoincrement=True)
    zairyou_name = Column(String(100),nullable=False)

class MenuZairyou(Base):
    __tablename__ = 'menu_zairyou_relationtable'
    menu_id = Column(Integer, primary_key=True)
    zairyou_id = Column(Integer,primary_key=True)

def main():
    engine = create_engine('mysql+pymysql://{user}:{password}@{host}/{db_name}?charset=utf8'.format(**{
        'user' : "root",
        'password' : "password",  # localのMySQLはrootpasswordは無しにしてある
        'host' : "localhost",
        'db_name' : "relation_studydb"

    })
    )
    Base.metadata.create_all(engine)
    SessionMaker = sessionmaker(bind=engine)
    session = SessionMaker()

    # 初めにmenu_tableとzairyou_tableへの登録を行う
    new_menu = Menu(menu_name="ガパオライス")
    session.add(new_menu)
    new_zairyou = Zairyou(zairyou_name='鶏肉')
    session.add(new_zairyou)
    session.commit()
    # 登録した料理のidを準備
    register_menu = session.query(Menu).order_by(-Menu.id).first()

    # 材料のidを準備
    register_zairyou = session.query(Zairyou).order_by(-Zairyou.id).first()

    # menu_zairyou_relationtable への登録
    register_to_MenuZairyou = MenuZairyou(menu_id = register_menu.id, zairyou_id = register_zairyou.id)
    session.add(register_to_MenuZairyou)
    session.commit()

    # ２つの目の材料と登録
    new_zairyou = Zairyou(zairyou_name='バジル')
    session.add(new_zairyou)
    session.commit()
    register_zairyou = session.query(Zairyou).order_by(-Zairyou.id).first()

    # menu_zairyou_relationtable への登録
    register_to_MenuZairyou = MenuZairyou(menu_id = register_menu.id, zairyou_id = register_zairyou.id)
    session.add(register_to_MenuZairyou)
    session.commit()

if __name__ == '__main__':
    main()