Android Studioでライブラリプロジェクトを作った際の注意についてお聞きします

Android Studioで次の現象に困っています。

状況：

Android Studio上でライブラリ用プロジェクトを作り、モジュールをひとつ追加しました

「LibProject」
＋－－libModule

build.gradleは以下のようにライブラリにし、アプリケーションIDは削除しています

apply plugin: 'com.android.library'

もうひとつAndroid Studioで、ライブラリを使うアプリ用プロジェクトを作りました

「MyApp」
＋－－app

MyAppプロジェクト側で、先のlibModuleを参照関係にしました。参照関係には以下の作業を行いました。

settings.gradleを以下のように変更

include ':app'
include ':libModule'

project(':libModule').projectDir = new File('../pathto/libModule')
project(':app').projectDir = new File('./app')

build.gradle(app)に以下を追加

dependencies {
・・・
compile project(':libModule')
}

これで、appモジュール側からlibModuleが参照できて実際コンパイルを行いました

ここで問題が起きたのですが、クリーンコンパイルはエラーがゼロで通るのですが、実行させようとすると、appモジュールから使用しようとしたActivityなどのクラス以外が全てClass Not Foundでエラーとなります

気になるのはR$bool.class has been removed.と、なぜかここでRが無いといわれることですが。

Executing task ':app:compileDebugJavaWithJavac' (up-to-date check took 0.01 secs) due to:
Output file C:\temp\MyProject\app\build\intermediates\classes\debug has changed.
Output file C:\temp\MyProject\app\build\intermediates\dependency-cache\debug has changed.
Output file C:\temp\MyProject\app\build\intermediates\classes\debug\mypackage\R$bool.class has been removed.
All input files are considered out-of-date for incremental task ':app:compileDebugJavaWithJavac'.
Compiling with JDK Java compiler API.

C:\temp\MyProject\app\src\main\java\jp\mypackage\StartActivity.java:8: エラー: パッケージlibpackage.common.utilは存在しません
import libpackage.common.util.VarUtil;
^
エラー1個

:app:compileDebugJavaWithJavac FAILED
:app:compileDebugJavaWithJavac (Thread[Daemon worker Thread 17,5,main]) completed. Took 0.122 secs.

FAILURE: Build failed with an exception.

What went wrong:

Execution failed for task ':app:compileDebugJavaWithJavac'.

Compilation failed; see the compiler error output for details.

Try:

Run with --stacktrace option to get the stack trace. Run with --debug option to get more log output.

BUILD FAILED

Total time: 2.031 secs
Stopped 0 compiler daemon(s).

MyAppプロジェクト側では以下のように使っていますが、libpackage側のActivityはエラーにならず何故か普通に作ったクラスがエラーになります。

import android.app.Activity;
import android.content.Intent;
import android.os.Bundle;

import libpackage.common.activity.splash.SplashActivity;
import libpackage.common.util.VarUtil;

public class StartActivity extends Activity {
@Override
protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
    super.onCreate(savedInstanceState);
    setContentView(R.layout.activity_start);

    Intent i = new Intent(this, SplashActivity.class);
    startActivity(i);
    finish();

    VarUtil.CONFIG.getAlpha();


}
}