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Pythonでのsirsモデルについて

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itta0602

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これはsirsモデルについてのプログラムです。この形を持ったままsirsに書き換えたいです。
どうか力を貸してください。

from matplotlib import rcParams​
rcParams['font.family'] = 'sans-serif'​
rcParams['font.sans-serif'] = ['Yu Gothic']​
​
import matplotlib.pyplot as plt​
from scipy. integrate import odeint​
​
​
#sirモデルの常微分方程式​def SIR_equation(v,t,β,γ):​
    S, I, R =v​
    dSdt=-β*S*I​
    dIdt=β*S*I-γ*I​
    dRdt=γ*I​
    return [dSdt,dIdt,dRdt]​
for β in np.linspace(0.10,0.20,11):​
    for γ in np.linspace(0.10,0.20,11):​
    ​
​
#初期値設定​
        S0=.999999928​
        I0=.000000071​
        R0=0.0#係数決定​
​
​
#0 ≦t ≦100のあいだを1000分割​
        time_list=np.linspace(1,150,150)​
​
        var_list=odeint(​
           SIR_equation,​
           [S0,I0,R0],​
           time_list,​
           args=(β,γ)​
)​
#微分方程式をここまでで解いた​
#var_listにはS、I、Rのそれぞれの時間に対する結果が配列で入っているので、​
#それらを分けて配列(_1ist)に収納​
        S_list = var_list [:,0] ​
        I_list = var_list [:,1] ​
        R_list = var_list [:,2] ​
        tot_list = S_list + I_list + R_list​
​
#精題にプロットできるよう色々工夫してみる​
       ​
        plt.xlabel("time")​
        plt.xlim(1,150)​
        plt.ylim(0,0.0004)​
        plt.ylabel("population ratio")​
        plt.fill_between(time_list, tot_list,label ="population",alpha = 0.5)​
        #plt.fill_between(time_list, S_list,label = "Susceptible",alpha = 0.5)​
        #plt.fill_between(time_list, R_list,label = "Recovered",alpha = 0.5)​
        plt.fill_between(time_list, I_list,label="Infected",alpha = 0.5)​
        plt.fill_between(time_list, I_list+R_list,label="Infected(cumulative)",alpha = 0.5)​
        ​
​
        plt.legend(loc ='center right')​
        plt.title(r"SIR model ($\beta=%.2f,\gamma=%.2f$)"%(β,γ))​
        plt.savefig(r"SIR_model_beta=%.2f_gamma=%.2f.png"%(β,γ))​
        plt.close()​
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  • itta0602

    2020/07/07 18:04

    こちらでは難しいでしょうか??

    キャンセル

  • aokikenichi

    2020/07/07 18:06

    何をなさりたいのか説明が不十分ですよく整理なさってください

    「Pythonでのsirsモデル」では伝わらないです

    PythonでSIRモデルによる微分方程式を解いているがSIRモデルをSIRSモデルに変えたい

    ということかと思いますが、Pythonが得意でもSIRSモデルが分かる方となると絞られるのでSIR、SIRSとは何かを示した方が回答可能性が高まります。

    「コード
    ```これはsirsモデルについてのプログラムです。この形を持ったままsirsに書き換えたいです。
    どうか力を貸してください。」
    コードの張り付け方が誤っており、説明書きも適切な個所でないのでコードが読みづらくなっています。Teratailの記法をご確認下さい。

    「time_list=np.linspace(1,150,150)​」は「0 ≦t ≦100のあいだを1000分割​」にならないと思います。

    「_1ist」は「_list」の誤記ですね。

    「精題にプロット」も意味が分かりません。

    誤記、問題設定等 今一度整理なさってください。

    キャンセル

  • itta0602

    2020/07/14 17:40

    :参考サイトなのですが、使えますでしょうか?
    https://rpubs.com/ktgrstsh/tokyor84

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